Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgctacttttagctttctatgcttgttcatgcctcattttgtatttttgctaattgctacttcaaccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTGGATATAGCTCTCAGGGTTCTGGATCCACACTTATTATGCCATTTCTTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G39420.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G39420.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os08g41730.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-----------gtgtgctacttt-tagctttctatgcttgttcatgcctcattttgtatttttgctaattgcta-------cttcaaccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTGGATATAGCTCTCAGGGTTCTGGATCCACACTTATTATGCCATTTCTTGA
           |  | || ||||    ||| |  ||   | ||||   |      ||||  |  | |  ||  |        ||    |||    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||   || |||||  |||||||  | ||  |  |  | || |||||  |||| ||
gtatgatttggggttacttctttacctcttacagtggccgctcatcagtatgaacgtatgatcacgacctgtgagaatatcttttcttcttttgcagGTAAAGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGGTCTTATGAAAGGACAGGTTATAGTGCTCAGGGGACAGGTGCAGCTTTGATGATGCCTGTTCTGGA

upper sequence: GLYMA08G39420.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G124417_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtgtgctacttttagctttctatgcttgttcatgcctcattttgtatttttgctaattgctacttca--accttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTGGATATAGCTCTCAGGGTTCTGGATCCACACTTATTATGCCATTTCTTGA
||    ||    | |  | ||||  ||      |||      |||  |  |||   ||   |  ||    |||   | ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||   || |||||  |||||||  | || ||  |  | || |||||  |||||||
gtagaatatgacttgagtactat-tttacattggccgttcaatgtgatcatgcctcttagcatctcttttcctctgacagGTAAAGGATGTGTCTTTACATACGATGCTGTTGGGTCTTATGAGAGGACAGGCTATAGTGCTCAGGGAACAGGTTCAGCGTTGATGATGCCTGTTCTTGA

upper sequence: GLYMA08G39420.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv15s0048g00900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtgtgctacttttagctttctatgcttgtt-catgcctcat-tttgtatttt-----tgctaattgctacttcaaccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTGGATATAGCTCTCAGGGTTCTGGATCCACACTTATTATGCCATTTCTTGA
||    |  |   | |||   ||||  | |  | ||||  | | ||||||       |  ||     || ||  |  |     ||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||||| ||||||||||||||| || ||||| || || ||||| || ||||| ||  | ||
gtaatgtgatacaaacttctgatgccagctataagccttctgtctgtattaagaaaataatatcctttattttcatatacttcagGAAAGGGTTGTGTCTTCACATACGATGCTGTGGGATCCTATGAGAAGGTTGGATATAGCTCCCAAGGTTCAGGTTCAACACTCATCATGCCTTTCTTGGA

upper sequence: GLYMA08G39420.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ12002 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtgtgctacttttagctttctatgcttgttcatgcctcattttgtatttttg-ctaattgctacttcaaccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTGGATATAGCTCTCAGGGTTCTGGATCCACACTTATTATGCCATTTCTTGA
                           || | |     |    | ||    | |||| |  |  |  |  ||||  |||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||| ||   ||||||||  | |||||    ||  |     | || |||||  |||| ||
---------------------------gtacgtttggaagagagaatcaaagtctaaatctttgtggaggcttg--tagGCAAGGGATGTGTCTACACTTATGACGCTGTTGGTTCTTACGAGCGGACAGGATATAGTACCCAGGGAAGCGGTGCAGAGTTGATAATGCCGATTCTGGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213592591|gb|DB961851.1|DB961851
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|213601629|gb|DB980886.1|DB980886
EST:     GCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTGCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|6072538|gb|AW101925.1|AW101925
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|209712773|gb|BW681629.1|BW681629
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|10843502|gb|BF066791.1|BF066791
EST:     CTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCCTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|12773264|gb|BG238191.1|BG238191
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|10845680|gb|BF068746.1|BF068746
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGGTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|209720176|gb|BW651178.1|BW651178
EST:     CCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: CCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|192321731|gb|FK013165.1|FK013165
EST:     GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
genomic: GTTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG
EST: gi|193725323|gb|FK661885.1|FK661885
EST:     TTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAG                         GAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCCTATGAGAGGGTTG
genomic: TTCTTTCCTTATTATGCTTTCAATGTTTTGGGTGGCCTTGACAATGAAGgtgtgctact ... ccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttgttcatgcctcattttgtatttttgctaattgctacttcaaccttgaatagGAAAGGGATGTGTCTTCACATATGATGCTGTTGGTTCTTATGAGAGGGTTGGATATAGCTCTCAGGGTTCTGGATCCACACTTATTATGCCATTTCTTGA
                           tgctaat  putative branch site (score: 2)
             tcattttgtattttt  TA-rich tract