1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtttagcaactgcagctgttgctctttattggcattacgtagcttatctcggaaagttcatataggaaaatataatataattaactatataacatatacaatatatgtatatatagtttttctttgttattgttacatcttgcaattcttgttatttttcatttgtagcagAGCAGCTATCGTGAATACTTGAAGCTGAAAGCAAGATTTGAATCACTTCAAAGGACTCAAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G27670.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGCAGTTATGGTGCTGTGGAAGTTACCAAACCTGCCAAAGAGTTCGAG AGCAGCTATCGTGAATACTTGAAGCTGAAAGCAAGATTTGAATCACTTCAAEST: gi|208081637|gb|GD882065.1|GD882065
genomic: AATGCAGTTATGGTGCTGTGGAAGTTACCAAACCTGCCAAAGAGCTCGAGgtttagcaac ... tttgtagcagAGCAGCTATCGTGAATACTTGAAGCTGAAAGCAAGATTTGAATCACTTCAA
EST: AATGCAGTTATGGTGCTGTGGAAGTTACCAAACCTGCCAAAGAGCTCGAG AGCAGCTATCGTGAATACTTGAAGCTGGAAGCAAGATTTGAATCACTTCAAEST: gi|193640743|gb|FK587668.1|FK587668
genomic: AATGCAGTTATGGTGCTGTGGAAGTTACCAAACCTGCCAAAGAGCTCGAGgtttagcaac ... tttgtagcagAGCAGCTATCGTGAATACTTGAAGCTGAAAGCAAGATTTGAATCACTTCAA
EST: ATGCAGTTATGGTGCTGTGGAAGTTACCAAACCTGCCAAAGAGCTCGAG AGCAGCTATCGTGAATACTTGAAGCTGAAAGCAAGATTTGAATCACTTCAAEST: gi|208024100|gb|GD823744.1|GD823744
genomic: ATGCAGTTATGGTGCTGTGGAAGTTACCAAACCTGCCAAAGAGCTCGAGgtttagcaac ... tttgtagcagAGCAGCTATCGTGAATACTTGAAGCTGAAAGCAAGATTTGAATCACTTCAA
EST: AATGCAGTTATGGTGCTGTGGAAGTTACCAAACCTGCCAAAGAGCTCGAG CEST: gi|208024100|gb|GD823744.1|GD823744
genomic: AATGCAGTTATGGTGCTGTGGAAGTTACCAAACCTGCCAAAGAGCTCGAGgtttagcaac ... tttgtagcag-
EST: AATGCAGTTATGGTGCTGTGGAAGTTACCAAACCTGCCAAAGAGCTCGAG C
genomic: AATGCAGTTATGGTGCTGTGGAAGTTACCAAACCTGCCAAAGAGCTCGAGgtttagcaac ... tttgtagcag-
tttttctttgttattgttacatcttgcaattcttgttatttttcatttgtagcagAGCAGCTATCGTGAATACTTGAAGCTGAAAGCAAGATTTGAATCACTTCAAAGGACTCAAAG
tttttcattt CT-rich tract
aattcttgttattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttagcaactgcagctgttgctctttattggcattacgtagcttatctcggaaagttcatataggaaaatataatataattaactatataacatatacaatatatgtatatatagtttttctttgttattgttacatcttgcaattcttgttatttttcatttgtagcagAGCAGCTATCGTGAATACTTGAAGCTGAAAGCAAGATTTGAATCACTTCAAAGGACTCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA