Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcatccatgcattatattatatttcattccattttcctttttccaaatttaacctctctctcatactatgaccatctactacataacaccttcaatttcacatgcacattttcttgccctctctactctgtaaatcagaataacttttcttatttaatcttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTTGGATCTGTTGTCGGCACTATCATAGTCTCTATCAGCGGAACA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G26000.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G26000.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv18s0001g03830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtatcatccatgcattatattatatttcattccattttcctttttccaaatttaacctctctctcatactatgaccatctactacataacaccttcaatttcacatgcacattttcttgccctctctactctgtaaatcagaataacttttcttatttaatcttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTTGGATCTGTTGTCGGCACTATCATAGTCTCTATCAGCGGAACA
                                                               |  | ||   | ||  | | |  | |    || ||||| | |   | | ||| ||  ||| |      | |||| | |   |||||   ||||||| | || | | |||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||| ||   ||||||||||| || || || || ||||||
----------------------------------------------------------ggtagttgttctgaaaacacattc-atgtcatgtttttaatttta-acaga-agtttattatcctgt------tctaaagctg---aacttgaattattta-tgttgttctagATCCTTGCAATTCCAGCCATTCCATTGACCATGTCAGCTGGTCTGCTTTTTGGCTCTTTTACTGGCACTATCATTGTTTCGATTAGTGGAACA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213591382|gb|DB959896.1|DB959896
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
EST: gi|120533380|gb|EH261513.1|EH261513
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
EST: gi|209699648|gb|BW655727.1|BW655727
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
EST: gi|120530997|gb|EH259130.1|EH259130
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
EST: gi|209726492|gb|BW658072.1|BW658072
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTT
EST: gi|120530346|gb|EH258479.1|EH258479
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
EST: gi|120530968|gb|EH259101.1|EH259101
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
EST: gi|209725511|gb|BW677808.1|BW677808
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
EST: gi|120531813|gb|EH259946.1|EH259946
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
EST: gi|213590181|gb|DB963800.1|DB963800
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
EST: gi|51337968|gb|CO981834.1|CO981834
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
EST: gi|209697357|gb|BW675502.1|BW675502
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTT
EST: gi|213620215|gb|DB967516.1|DB967516
EST:     ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAG                         ATCCCTTGCA-TTCCTGCCATTCCTTTTACCATGTCAGCTGGACTTCTATT
genomic: ATGGTCCTGCTGGATATGCATTATTCGTTGCCGTTTATGCTGGATTGGAGgtatcatcca ... cttttcccagATCC-TTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgccctctctactctgtaaatcagaataacttttcttatttaatcttttcccagATCCTTGCAATTCCTGCCATTCCTTTAACCATGTCAGCTGGACTTCTATTTGGATCTGTTGTCGGCACTATCATAGTCTCTATCAGCGGAACA
                              cttttcttatttaatc  CT-rich tract
                 taaatcagaataactt  TA-rich tract