Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatctttctatttctctctaaaaattacttttaaatttgttttgaataaatttgtgttaccatttcaaagttaaaaatttgctataactatagcaatttaatactcgtttgttttgttttgtttttttctgaatggaacagAAAGGTTTATGCAATGAGCATAGTTGGTACAATTCCAGAAGAGTTATGGACTTTGACTTACCTCACCAATTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G25600.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U12 (go to U12 genes for details)

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209722588|gb|BW679837.1|BW679837
EST:     AAATGTGATTGCTCCTATGACAGTAGAACTACTTGCCGCATCACAGCATT                         AAAGGTTTATGCGATGAGCATAGTTGGTACAATTCCAGAAGAGTTATGGAC
genomic: AAATGTGATTGCTCCTATGACAGTAGAACTACTTGCCGCATCACAGCATTgtatctttct ... aatggaacagAAAGGTTTATGCAATGAGCATAGTTGGTACAATTCCAGAAGAGTTATGGAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actatagcaatttaatactcgtttgttttgttttgtttttttctgaatggaacagAAAGGTTTATGCAATGAGCATAGTTGGTACAATTCCAGAAGAGTTATGGACTTTGACTTACCTCACCAATTT
 tttctgaat  putative branch site 
                     tttgttttgttttgtt  TA-rich tract