Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtaaatgatgatgattttatccatattttttctaagctattgtgattttctattttgtgatgtaaaacttatatgtgtttgatcatgttactttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGCGAAGGGCTTCGGTTTGCAACCAAAAGGATCTTTAAAGGGATTCATAGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G22190.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G22190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G52830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
--------------------------agtaaatgatgat-gattttatccatat---tttttctaagctattgtgattttctattttgtgatgtaaaacttatatgtgtttgatcatgttactttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGCGAAGGGCTTCGGTTTGCAACCAAAAGGATCTTTAAAGGGATTCATAGAA
                          | |     || ||  | |||| | | ||   | |   ||| || ||   | |    | ||||| || | |   ||  |  |||   |   | ||   |   ||| |||||||  || ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |  || || ||| | || | | |   ||| |   ||  | |  |    
gtaagtttatgtttagcttgcattacaatgctcaattatcaaatttaccaaaatgaatataattaacctcttacaagtcaaaaatttgtaattttattttttaaattgt--aaattttttttgtcggcagGATGTTTAAAGAATCATGCAAGAGGCTGAGGATCGTGAAGAGATCAGATGCAACTGGTTTTGGTCTCCAGCAAGATTAATCATACTAGCTAGTGTTGATC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19270241|gb|BM886497.1|BM886497
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... actttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGC
EST: gi|19348246|gb|BM892778.1|BM892778
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAA
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... actttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAA
EST: gi|20811483|gb|BQ295961.1|BQ295961
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAA
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... actttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAA
EST: gi|13125813|gb|BG316383.1|BG316383
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... actttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGC
EST: gi|7028314|gb|AW458097.1|AW458097
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... actttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGC
EST: gi|27426652|gb|CA938172.1|CA938172
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGGTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAAGATTATGAAGAAATCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... actttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGC
EST: gi|27427401|gb|CA938921.1|CA938921
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... actttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGC
EST: gi|7691324|gb|AW759517.1|AW759517
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCA
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... actttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCA
EST: gi|27445862|gb|CA952985.1|CA952985
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAG
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... actttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttctattttgtgatgtaaaacttatatgtgtttgatcatgttactttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGCGAAGGGCTTCGGTTTGCAACCAAAAGGATCTTTAAAGGGATTCATAGAA
                                gtttgat  putative branch site (score: 5)
                                           ttacttt  putative PPT
               atgtaaaacttatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agtaaatgatgatgattttatccatattttttctaagctattgtgattttctattttgtgatgtaaaacttatatgtgtttgatcatgttactttaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAATCAGATGCGAAGGGCTTCGGTTTGCAACCAAAAGGATCTTTAAAGGGATTCATAGAA

- - - -gatgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gctattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgtt