1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...agagagacacaaaatttgaacatgacattatgtgcattaggatccactcccctttcacattgatattcatttttttagaagcaaatatgctccttggcagGTTAGAGATCCTCACACAGAAATCCCACATGCCAGAGGAATTAAGTTAGGTGAACTATTGAAGAAGAAGGCAGAGGAAGGAGTGGCTGTGAGGGTTATGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G20710.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
actcccctttcacattgatattcatttttttagaagcaaatatgctccttggcagGTTAGAGATCCTCACACAGAAATCCCACATGCCAGAGGAATTAAGTTAGGTGAACTATTGAAGAAGAAGGCAGAGGAAGGAGTGGCTGTGAGGGTTATGC
cattgat putative branch site (score: 4)
tgctcctt putative PPT
attgatattcattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agagagacacaaaatttgaacatgacattatgtgcattaggatccactcccctttcacattgatattcatttttttagaagcaaatatgctccttggcagGTTAGAGATCCTCACACAGAAATCCCACATGCCAGAGGAATTAAGTTAGGTGAACTATTGAAGAAGAAGGCAGAGGAAGGAGTGGCTGTGAGGGTTATGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - acacaaa
- - - - - - - - - -acatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - tgcatta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaagcaaa