1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaagttcctctaccgtattcctcacttgttgaaatgcttttattcatataccttttttctgtaaatttgatttcttgcaaattaactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGACAGCTTTGATGCAATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G20300.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGAEST: gi|6719017|gb|AW306664.1|AW306664
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGAEST: gi|9820437|gb|BE555947.1|BE555947
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGAEST: gi|6134879|gb|AW133272.1|AW133272
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGAEST: gi|37994639|gb|CF806304.1|CF806304
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGAEST: gi|16347160|gb|BI972755.1|BI972755
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGAEST: gi|7286082|gb|AW598569.1|AW598569
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGAEST: gi|21995036|gb|BQ786564.1|BQ786564
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGAEST: gi|9986909|gb|BE661017.1|BE661017
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
EST: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
genomic: GAGGGAACACAATTCGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGA
tttattcatataccttttttctgtaaatttgatttcttgcaaattaactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGACAGCTTTGATGCAATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATAT
aattaac putative branch site (score: 2)
ttttttctgtaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttcctctaccgtattcctcacttgttgaaatgcttttattcatataccttttttctgtaaatttgatttcttgcaaattaactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCTTATGATGAAGTGTATGACAGCTTTGATGCAATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA