Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gataggagtttagttcagatgttatgtaattgtatctgtaaaaggtgcaccaaaggtggtgttgtctgttattaataatgagctgattatatgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCAGATATCGAAACTCGCATAGAACTCATCAAAACGTTGAACAGTGTGTCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G15340.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G15340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0031g01970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
----gataggagtttagttcag--atgttatgtaattgtatctgtaaaaggtgcaccaaaggtggtgttgtctgttattaataatgagctgattatatgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCAGATATCGAAACTCGCATAGAACTCATCAAAACGTTGAACAGTGTGTCTG
        ||   ||  |  ||  |     ||      || || ||   |||| | ||    |  | | |  || ||||  | |||      |||| | |   ||||||||||| || ||||| || || |||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||| ||   || || ||||| |||||  | |||||||||||||
tatttgctggccctttttggagtaaaaaagtgctgccatacctttatttggtg-atcat---ttctatgggttgctatt--tcatggttattttatttttgcacagGCTGTAACTGCAATGGTCCAGCAAGCTATGCAGTATATTGACCAGACACCGGATATTGAATCTAAGATTGAGCTCATTAAAACACTTAACAGTGTGTCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|308097990|gb|HO761161.1|HO761161
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|193398918|gb|FK365260.1|FK365260
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|308098358|gb|HO760099.1|HO760099
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|208053380|gb|GD855715.1|GD855715
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|207759636|gb|GD731335.1|GD731335
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|308098130|gb|HO761301.1|HO761301
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|254320644|gb|GR827093.1|GR827093
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|192296110|gb|FG989470.1|FG989470
EST:     CGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: CGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|6566939|gb|AW234570.1|AW234570
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|15286081|gb|BI469972.1|BI469972
EST:     TCTATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|192334269|gb|FK024396.1|FK024396
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|15284757|gb|BI468648.1|BI468648
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
EST: gi|12690044|gb|BG156380.1|BG156380
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAGgtgctcgcag ... atgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcaccaaaggtggtgttgtctgttattaataatgagctgattatatgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCAGATATCGAAACTCGCATAGAACTCATCAAAACGTTGAACAGTGTGTCTG
                   tctgttattaataat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gataggagtttagttcagatgttatgtaattgtatctgtaaaaggtgcaccaaaggtggtgttgtctgttattaataatgagctgattatatgtttgcagGCTGTAACAGCTATGGTGCAACAGGCTATGCAATATATTGACGAGACACCAGATATCGAAACTCGCATAGAACTCATCAAAACGTTGAACAGTGTGTCTG

- - - - - - - - - -tgttatg
- - - - - - - - - - - - - - - -gtatctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgatt