Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgatgaaaattattcagataatgagactgaggaaaagttgcaaacagaaaagaagattgaaaggagaaaagtagatcccctgcatggtgtaatcctgaaaagccatggagGAAAATGTTGTTGGGTAGATACTGGTGAACACTTGTTTCTGGATTTTTATGAATTACTGGCGTGGCTTCAGGACTCTGCTGAGCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G13400.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G13400.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtgatgaaaattattcagataatgagactgaggaaaagttgcaaacagaaaagaagattgaaaggagaaaagtagatcccctgcatg---gtgtaatcctgaaaagccatggagGAAAATGTTGTTGGGTAGATACTGGTGAACACTTGTTTCTGGATTTTTATGAATTACTGGCGTGGCTTCAGGACTCTGCTGAGCA
          | |  |  | ||      || || ||  |   | | | |  | || || ||||  | |||| |||||||  | | ||   |||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||      ||||  | |||      ||||| ||                           
---------gtaaccctaacaacattggtgggggaacttcagagataaatgaaaacatggaaactaaaaaattagATCCTTTCCTTGTTGGTGTAAACCCGAAAAGCCCTGGTGGAAAATGTTGTTGGGTGGATACTGGTGGGTCACTGTTCTTTGATGGGGCAGAATTGCTTTT------------------------


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attgaaaggagaaaagtagatcccctgcatggtgtaatcctgaaaagccatggagGAAAATGTTGTTGGGTAGATACTGGTGAACACTTGTTTCTGGATTTTTATGAATTACTGGCGTGGCTTCAGGACTCTGCTGAGCA
           aaaagta  TA-rich tract