1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...cgatatacatatatatatatatatatgttccttaatttaattatatagtttgttcctttaactatatatataaagtttgattttgctaccacgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCCCTACAACGGTCCCAGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G11120.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCCEST: gi|207784105|gb|GD758415.1|GD758415
genomic: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCC
EST: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCCEST: gi|193388892|gb|FK353567.1|FK353567
genomic: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCC
EST: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCCEST: gi|207727051|gb|GD704277.1|GD704277
genomic: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCC
EST: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGNGTCCEST: gi|193345817|gb|FK311338.1|FK311338
genomic: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCC
EST: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCCEST: gi|193431784|gb|FK395584.1|FK395584
genomic: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCC
EST: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCCEST: gi|208046011|gb|GD848189.1|GD848189
genomic: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCC
EST: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGGCCEST: gi|193356941|gb|FK319605.1|FK319605
genomic: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCC
EST: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATAGAGTAEST: gi|207756275|gb|GD727482.1|GD727482
genomic: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTAT-GAGT-
EST: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTG GAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCC
genomic: AATGTAACTATGGTGCGCCTGAGGCTAATGTGTCTACACGGGAAGCCTTGgtaatggtga ... acgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCC
tagtttgttcctttaactatatatataaagtttgattttgctaccacgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCCCTACAACGGTCCCAGAG
tttaactatatatata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cgatatacatatatatatatatatatgttccttaatttaattatatagtttgttcctttaactatatatataaagtttgattttgctaccacgattctagGAGTTAAGCAGTCAACAGGAGTACTTGAAGCTGAAGGCACGTTATGAGTCCCTACAACGGTCCCAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - gttcctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctacc