1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aacataggagtattatgttatatccaatcatgtctttgctaagatttttttggcagtcgagctaatattgcgtatcttgatttttcctggcactatgaagATAATGATGCTTCAAGGGAGTCTACTAATGGGTGGACAACTAAATTCACATGATCATTTCAAAGACTGGAGACTTGATGTTGATAACATGTCCTATGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G05410.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTCCTCTGATGGTTTTGCTGAG ATAATGATGCTTCAAGGGAGTCTACTAATGGGTGGACAACTAAATTCACATEST: gi|10842876|gb|BF066237.1|BF066237
genomic: CTTCCTCTGATGGTTTTGCTGAGgttgcctcta ... cactatgaagATAATGATGCTTCAAGGGAGTCTACTAATGGGTGGACAACTAAATTCACAT
EST: CAACATACTATCGTCATGTTAGAGATCCTTCCTCTGATGGTTTTGCTGAG ATAATGATGCTTCAAGGGAGTCTACTAATGGGTGGACAACTAAATTCACATEST: gi|21888432|gb|BQ741645.1|BQ741645
genomic: CAACATACTATCGTCATGTTAGAGATCCTTCCTCTGATGGTTTTGCTGAGgttgcctcta ... cactatgaagATAATGATGCTTCAAGGGAGTCTACTAATGGGTGGACAACTAAATTCACAT
EST: CAACATACTATCGTCATGTTAGAGATCCTTCCTCTGATGGTTTTGCTGAG ATAATGATGCTTCAAGGGAGTCTACTAATGGGTGTACTTCTAAATTCACAT
genomic: CAACATACTATCGTCATGTTAGAGATCCTTCCTCTGATGGTTTTGCTGAGgttgcctcta ... cactatgaagATAATGATGCTTCAAGGGAGTCTACTAATGGGTGGACAACTAAATTCACAT
ttttttggcagtcgagctaatattgcgtatcttgatttttcctggcactatgaagATAATGATGCTTCAAGGGAGTCTACTAATGGGTGGACAACTAAATTCACATGATCATTTCAAAGACTGGAGACTTGATGTTGATAACATGTCCTATGAG
ttgattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacataggagtattatgttatatccaatcatgtctttgctaagatttttttggcagtcgagctaatattgcgtatcttgatttttcctggcactatgaagATAATGATGCTTCAAGGGAGTCTACTAATGGGTGGACAACTAAATTCACATGATCATTTCAAAGACTGGAGACTTGATGTTGATAACATGTCCTATGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - -ccaatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctaag