1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtatgcttgttttaaactgagttgcttgaattgcaatgcaaatagccaagcaatttattcatgaatcctgtataattcttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATGCGTAAGTGGGGGTTTGAAGAGGGAAAGACGCTTTTTGGTTTTGGATATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G34730.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTG ATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATGEST: gi|213602155|gb|DB962648.1|DB962648
genomic: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTGgtatgcttgt ... ttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATG
EST: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTG ATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATGEST: gi|18723137|gb|BM523445.1|BM523445
genomic: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTGgtatgcttgt ... ttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATG
EST: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTG ATGNTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATGEST: gi|209699839|gb|BW661136.1|BW661136
genomic: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTGgtatgcttgt ... ttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATG
EST: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTG ATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATGEST: gi|213607071|gb|DB966976.1|DB966976
genomic: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTGgtatgcttgt ... ttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATG
EST: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTG ATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATGEST: gi|15814956|gb|BI787231.1|BI787231
genomic: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTGgtatgcttgt ... ttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATG
EST: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTG ATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATGEST: gi|209701668|gb|BW660985.1|BW660985
genomic: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTGgtatgcttgt ... ttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATG
EST: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTG ATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATGEST: gi|209717647|gb|BW671517.1|BW671517
genomic: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTGgtatgcttgt ... ttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATG
EST: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTG ATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATGEST: gi|6482538|gb|AW201795.1|AW201795
genomic: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTGgtatgcttgt ... ttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATG
EST: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTNTGGACCCTGACTTG ATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATG
genomic: CTGAAGATAGGCATGGACTCCATGCAATTGACATTTTGGACCCTGACTTGgtatgcttgt ... ttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATG
caatgcaaatagccaagcaatttattcatgaatcctgtataattcttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATGCGTAAGTGGGGGTTTGAAGAGGGAAAGACGCTTTTTGGTTTTGGATATG
ttctttt CT-rich tract
aatttattcatgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgcttgttttaaactgagttgcttgaattgcaatgcaaatagccaagcaatttattcatgaatcctgtataattcttttgagcagATGTTTGGAAGTGATTCTGTGTATTATTTCCATGACATGATCGTTGAAATGCGTAAGTGGGGGTTTGAAGAGGGAAAGACGCTTTTTGGTTTTGGATATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG