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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatttaagattcttgtttgcaaatcatgttgaatctgattcttgctcagactgacaaacaaggaatcacccttttgctctgtcatcttatttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGATTCTCTTCTTCCACATCCAAGTGGTCTTGGTCAACATGTACCTCTCCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G18210.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151406549|gb|EV276364.1|EV276364
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|298171010|gb|HO016042.1|HO016042
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|151398511|gb|EV268382.1|EV268382
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|7591301|gb|AW707037.1|AW707037
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|15815106|gb|BI787381.1|BI787381
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|298169237|gb|HO020597.1|HO020597
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|151404433|gb|EV274247.1|EV274247
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAGTTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|208254011|gb|GE055989.1|GE055989
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|192327728|gb|FK022035.1|FK022035
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|151411903|gb|EV281714.1|EV281714
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTGATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|15813377|gb|BI785652.1|BI785652
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|151394124|gb|EV263995.1|EV263995
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|298189599|gb|HO038002.1|HO038002
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|13478430|gb|BG507910.1|BG507910
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
EST: gi|19053011|gb|BM731678.1|BM731678
EST:     GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAG                         AACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAAGTTCTGGATGAAATTTTCCCTAAGgtattaacaa ... tttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcagactgacaaacaaggaatcacccttttgctctgtcatcttatttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGATTCTCTTCTTCCACATCCAAGTGGTCTTGGTCAACATGTACCTCTCCAAG
                                        tcttattt  CT-rich tract
                                       atcttatttaactta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ttatttaagattcttgtttgcaaatcatgttgaatctgattcttgctcagactgacaaacaaggaatcacccttttgctctgtcatcttatttaacttagAACGCCACTGAGCAACCAGATTTGGTAATTGTGTACTTTGGTGGTAATGATTCTCTTCTTCCACATCCAAGTGGTCTTGGTCAACATGTACCTCTCCAAG

- - - - - - - tgtttgc
- - - - - - - - - - - - tcatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acaaaca