1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...taaatgtacaataatgaacttcttaattatgacaattgttagcatgcacaatatcattacttcgattcttgctaagaccctatcaacttgtttaattcagGATGCCCCTATACAACCTTCATTGGTTATTGTCTACTTTGGTGGTAATGATTCTTCTGCTCCCCTCTCATCTGGCCTAGGTCCTCATGTGCCTCTCCAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G18170.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAGGTTCTGGATAAAGTTTTTCCCAAG GATGCCCCTATACAACCTTCATTGGTTATTGTCTACTTTGGTGGTAATGAT
genomic: GTTGGAATTCAAGGCGTGCTGTGCAGGTTCTGGATAAAGTTTTTCCCAAGgtattcacca ... tttaattcagGATGCCCCTATACAACCTTCATTGGTTATTGTCTACTTTGGTGGTAATGAT
gcacaatatcattacttcgattcttgctaagaccctatcaacttgtttaattcagGATGCCCCTATACAACCTTCATTGGTTATTGTCTACTTTGGTGGTAATGATTCTTCTGCTCCCCTCTCATCTGGCCTAGGTCCTCATGTGCCTCTCCAAG
gtttaat putative branch site (score: 4)
cttgttt CT-rich tract
ttgtttaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaatgtacaataatgaacttcttaattatgacaattgttagcatgcacaatatcattacttcgattcttgctaagaccctatcaacttgtttaattcagGATGCCCCTATACAACCTTCATTGGTTATTGTCTACTTTGGTGGTAATGATTCTTCTGCTCCCCTCTCATCTGGCCTAGGTCCTCATGTGCCTCTCCAAG
- aatgtac
- - - - - - aatgaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccctatc