Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctgagatagaatgttttggtttgggaaaggtgctgttactgcattatggaccttaaatgttttgaatcttgtttttcatccttgtgatggttccttgcagGTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTTATCCTTATAAATCTCCTTCCATAGGCTTTATCAATAAGATCTATCACCC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G07540.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G07540.3 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G150867_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 1
-ctgagatagaatgttttggtttgggaaaggtgctgttactgcattatggaccttaaatgttt---tgaatcttgtttttcatccttgtgatggttccttgcagGTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTTATCCTTATAAATCTCCTTCCATAGGCTTTATCAATAAGATCTATCACCC
 ||    ||  |||||    ||   |       ||  | ||||| ||  ||  |   | |  |   || |   | || |  || ||| || ||  | |    |||   |||||| |||||| | ||||  || || || || ||||||||||| |||||||| ||||| || || || || || ||||||||||| ||||||||
actatctta--atgttgcacttaaagcttcagtcttgtcctgcactagtgatttaggagggctggctgcactatcttatggatactt-tgctgaattca-atagGCATTTATCAAGGAGGTATATGGAGGGTTAGAGTAGAACTGCCAGATGCGTATCCTTACAAATCCCCATCGATTGGTTTCATCAATAAGATATATCACCC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14011775|gb|BG726697.1|BG726697
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGA                         GTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGAgtaagttctc ... ttccttgcagGTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
EST: gi|15812810|gb|BI785085.1|BI785085
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGA                         GTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGAgtaagttctc ... ttccttgcagGTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
EST: gi|151400703|gb|EV270517.1|EV270517
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGA                         GTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGAgtaagttctc ... ttccttgcagGTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
EST: gi|23730924|gb|BU763571.1|BU763571
EST:     TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGA                         GTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT
genomic: TAATGATGGAATGCAAGAGTTTTATGTGCATTTCCATGGACCCAATGAGAgtaagttctc ... ttccttgcagGTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atggaccttaaatgttttgaatcttgtttttcatccttgtgatggttccttgcagGTCCTTATCATGGAGGTGTGTGGAAAGTGAGGGTTGAGCTGCCAGATGCTTATCCTTATAAATCTCCTTCCATAGGCTTTATCAATAAGATCTATCACCC
                                             ttccttgc  CT-rich tract
       ttaaatgttttgaat  TA-rich tract