Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgatgattttatatttgtatccatatcttttttaagctatagtgattttctattttgtgatgtaaaacttatgtgtttgagatcatgttaccctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGCCAAGGGCTTCGGTTTGCAACCAAAAGGATCTCTGAAGGGATTCATAGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G03840.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G03840.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G52830.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
---------------------------atgatgattttatatttgtatccatat---cttttttaagctatagtgattttctattttgtgatgtaaaacttatgtgtttgagatcatgttaccctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGCCAAGGGCTTCGGTTTGCAACCAAAAGGATCTCTGAAGGGATTCATAGAA
                           ||| | | ||   |  | || | | ||     |  |||| || |    | |    | ||||| || | |   || |    |||  |   | ||       ||| |||||||  || ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| |  || || ||| | || | | |   |||     ||  | |  |    
gtaagtttatgtttagcttgcattacaatgctcaattatcaaatttaccaaaatgaatataattaacctcttacaagtcaaaaatttgtaatttta--ttttttaaattgtaaattttttttgtcggcagGATGTTTAAAGAATCATGCAAGAGGCTGAGGATCGTGAAGAGATCAGATGCAACTGGTTTTGGTCTCCAGCAAGATTAATCATACTAGCTAGTGTTGATC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6667380|gb|AW278831.1|AW278831
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... accctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
EST: gi|151401592|gb|EV271406.1|EV271406
EST:     TATGAGGACAAAGATGGCGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... accctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
EST: gi|31311183|gb|CD396386.1|CD396386
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... accctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
EST: gi|209720287|gb|BW674629.1|BW674629
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAAGTCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... accctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
EST: gi|26058738|gb|CA801652.1|CA801652
EST:     TATGAAGACAAAAATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTACCTTGGGA                         AATGTTTATGGAATCATGCAAGAAGCTGAAGATTATGAA
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... accctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAA
EST: gi|298187784|gb|HO031741.1|HO031741
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... accctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
EST: gi|7590511|gb|AW706262.1|AW706262
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... accctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
EST: gi|10254851|gb|BE822617.1|BE822617
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... accctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGC
EST: gi|24135384|gb|BU925894.1|BU925894
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCA
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... accctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCA
EST: gi|192304308|gb|FG993564.1|FG993564
EST:     TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGA                         AATGTTTATGGAGTCATGCAAGAG
genomic: TATGAGGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAgtaagtactt ... accctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttctattttgtgatgtaaaacttatgtgtttgagatcatgttaccctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGCCAAGGGCTTCGGTTTGCAACCAAAAGGATCTCTGAAGGGATTCATAGAA
                                           ttaccct  CT-rich tract
                  taaaacttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atgatgattttatatttgtatccatatcttttttaagctatagtgattttctattttgtgatgtaaaacttatgtgtttgagatcatgttaccctaacagAATGTTTATGGAGTCATGCAAGAGGCTGAGGATTATGAAGAGGTCAGATGCCAAGGGCTTCGGTTTGCAACCAAAAGGATCTCTGAAGGGATTCATAGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
-tgatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgtt