Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagggtatatcaaatcaatctttcacccgtgaaatgttattttcttcttcattttttaataatgttgagtaatctgtaacttgaacttttcgtcactgtgattaatatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTTCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G03660.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G03660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT3G15660.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaagggtatatcaaatcaatctttcacccgtgaaatgttattttcttcttcattttttaataatgttgagtaatctgtaacttgaacttttcgtcactgtgattaatatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTTCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG
           |  | || | |||       |   | |||   |  |||||  ||         ||||   |||  ||    || | ||||        ||| ||     ||| ||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| | ||| || ||||| ||||| || || || || ||||||||  | || ||| 
----------gtacactccagcttctctagatttgaagttgaatgtttctttgtta------ggtgtttgctaa--tgctgttttagctttg-------gtggtt-----gtgtagGATGTGAAGGATAATCCTGTTATGATCTACATGAAAGGTGTCCCTGAATCTCCTCAGTGTGGGTTTAGCTCACTAGCCGTCAGAGTTTTGCAGCAATATA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298163747|gb|HO012480.1|HO012480
EST:     GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAG                         GATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
genomic: GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAGgtaagggtat ... atatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
EST: gi|58016821|gb|CX703563.1|CX703563
EST:     GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAG                         GATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
genomic: GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAGgtaagggtat ... atatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
EST: gi|208280615|gb|GE075857.1|GE075857
EST:     GTAATAAGCTTGAAGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAG                         GATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
genomic: GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAGgtaagggtat ... atatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
EST: gi|58023219|gb|CX709960.1|CX709960
EST:     GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAG                         GATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
genomic: GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAGgtaagggtat ... atatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
EST: gi|192295784|gb|FG990850.1|FG990850
EST:     GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAG                         GATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
genomic: GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAGgtaagggtat ... atatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
EST: gi|151407112|gb|EV276927.1|EV276927
EST:     GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAG                         GATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
genomic: GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAGgtaagggtat ... atatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
EST: gi|298190883|gb|HO033004.1|HO033004
EST:     GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAG                         GATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
genomic: GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAGgtaagggtat ... atatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
EST: gi|298187580|gb|HO034729.1|HO034729
EST:     GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAG                         GATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
genomic: GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAGgtaagggtat ... atatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
EST: gi|298171416|gb|HO016448.1|HO016448
EST:     GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAG                         GATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT
genomic: GTAATAAGCTTGAGGGTTCTGGCATTTGTTTGTCTAATGTTATTGAGCAGgtaagggtat ... atatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taatgttgagtaatctgtaacttgaacttttcgtcactgtgattaatatgtgcagGATGTCAAGGATAATCCTGTTATGGTTTACATGAAAGGTGTGCCTGATTTTCCACAATGTGGATTTAGTTCGCTTGCTGTAAGAGTTTTAAAACACTATG
                                        gattaat  putative branch site (score: 3)
                                       tgattaatat  TA-rich tract