Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatgcgattccctcaaagggggcatctgttctgcctgttacgatagtatttaagtcactgtgtcagatggtgctaagtgctaactagcatgtgagtggttatacaattcctatgtttgtgttaatgcgtcttgtaataaatgacagGTATGGATTTGCAATTTGAGGTTGAGGAGGTTGAAGCTTTTGTGAAACAACCTGATGGTTCTGTTTTCAGTTGGTATGAGCGTTTTCAGTGCTACTGTCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G01550.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G01550.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv09s0002g02590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtata-tgcgattccctcaaaggg------ggcatctgttctgcctg-----------ttacgatagtatttaagtcactgtgtcagatggtgctaagtgctaactagcatgtgagtggttatacaattcctatgtttgtgttaatgcgt-cttgtaataaatgacagGTATGGATTTGCAATTTGAGGTTGAGGAGGTTGAAGCTTTTGTGAAACAACCTGATGGTTCTGTTTTCAGTTGGTATGAGCGTTTTCAGTGCTACTGTCA
||||| |  | |    |||           ||  | | || | ||||           |||| |  | ||||   | |     |    || |   || |||| | |   |      |||||      | |  ||    ||  |||  | | ||     |   |  |||| |||||||| |||||||||   || ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||  | || |||||||  ||||| ||||  |||| |  |||
gtatactatgctgttttcattttatcttttggtttttattgtccctggtttaaaatccttactaatggattttcataataaaatttcttgattaaaaatgctgatttttacaattatggtttc---ttccacataggagtaataactcatactcactttcgctctcagGAATGGATTTACAATTTGAGTGGGATGAGGTTGAAGCTTTTGTGAGACAGCCGGATGGTTCATTGTTTAGTTGGTGGGAGCGATTTCGTTGCTTCAATCA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgagtggttatacaattcctatgtttgtgttaatgcgtcttgtaataaatgacagGTATGGATTTGCAATTTGAGGTTGAGGAGGTTGAAGCTTTTGTGAAACAACCTGATGGTTCTGTTTTCAGTTGGTATGAGCGTTTTCAGTGCTACTGTCA
                           tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                       ttgtaataaat  TA-rich tract