Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcctctacagtattcttcacctgttgaaatgcttttattcatatacgtttttctgtaatttgatgtcttgcaaattaactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGACAGCTTTGATGCCATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G00950.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G00950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G54270.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaagttcctctacagtattcttcacctgttgaaatgcttttattcatatacgtttttctgtaatttgatgtcttgcaaattaactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGACAGCTTTGATGCCATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATAT
|||||| |      |  ||  ||    |  | |   | ||||  | | ||   ||||| |||| ||     ||||     ||   |        | || |  ||  || | || ||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |        
gtaagtcct-----aagatctttagtttcattactcgtttttgatgagat---tttttttgtatttgctaatcttattgtttgtttgggtgcagTCTCGATGGACAGG-ATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTTTGCAAGAGAATCTTCTTAGGG--------

upper sequence: GLYMA07G00950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G54270.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtaagttcctctacagtattcttcacctgttgaaatgcttttattcatatacgtttttctgtaatttgatgtcttgcaaattaactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGACAGCTTTGATGCCATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATAT---
|||||| |      |  ||  ||    |  | |   | ||||  | | ||   ||||| |||| ||     ||||     ||   |        | || |  ||  || | || ||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || || |||   
gtaagtcct-----aagatctttagtttcattactcgtttttgatgagat---tttttttgtatttgctaatcttattgtttgtttgggtgcagTCTCGATGGACAGG-ATGAGTTCTTCACCTCATATGATGAGGTCCATGAGAGCTTTGATGCCATGGGTTTGCAAGAGAATCTTCTTAGGGGTATCTATGCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209700933|gb|BW661312.1|BW661312
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|213600324|gb|DB964362.1|DB964362
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|7478717|gb|AW666377.1|AW666377
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|18690820|gb|BM519668.1|BM519668
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|298189308|gb|HO037711.1|HO037711
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|298187389|gb|HO034538.1|HO034538
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|298174095|gb|HO017431.1|HO017431
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|209707371|gb|BW670637.1|BW670637
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|209720997|gb|BW682476.1|BW682476
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|15337080|gb|BI497736.1|BI497736
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|298177476|gb|HO023609.1|HO023609
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|298184844|gb|HO030057.1|HO030057
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
EST: gi|298193029|gb|HO033407.1|HO033407
EST:     GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATT                         GCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA
genomic: GAAGGAACACAATTTGATGGTCGCCAATATGATGCTAAGATGAGTGAATTgtaagttcct ... aactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttttattcatatacgtttttctgtaatttgatgtcttgcaaattaactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGACAGCTTTGATGCCATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATAT
                                         aattaac  putative branch site (score: 2)
                tttttctgtaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttcctctacagtattcttcacctgttgaaatgcttttattcatatacgtttttctgtaatttgatgtcttgcaaattaactacacagGCTTTCCACTGATGGGCAAGAATTCTTCACCTCATATGACGAAGTCTATGACAGCTTTGATGCCATGGGATTGCAAGAGAATCTTCTGCGAGGCATATAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA