Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaatgcccctaatggttatcctgatgaatggccaatgctataagtggggaattcatggcagagtatgcaaataatcatgatattgcattggatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGATTTGTGGGAAAGAGTAAAGTTGCCAAGGAATTATGAGAAGGCACTTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G43930.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G43930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv14s0030g01480.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
--aaatgcccctaatggttatcctgatgaatggccaatgctataagtggggaattcatg--gcagagtatgcaaataatcatgatattgcattggatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGATTTGTGGGAAAGAGTAAAGTTGCCAAGGAATTATGAGAAGGCACTTGA
    ||      | || ||   ||     |     | | || ||  |      |  |||  || || ||||  ||| ||     | | |   | |    ||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||  | || |||||| | || || |||||| | || || |  ||||| |||||
tgtgatttatggattgtttcctctttattaaatttagttctttagatcaaagctgtatgtggctgactatgttaatgattggtctctggttcttg----tgcagGAGTGTTTTATCTATACATGAAAACCATTGAAAGAGCCCATATGCCAAACAAATTATGGGAACGGGTTAAATTGCCACGAAACTACGGAAAGGCTCTTGA

upper sequence: GLYMA06G43930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv17s0000g09220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
--aaatgcccctaatggttatcctgatgaatggccaatgctataagtggggaattcatg--gcagagtatgcaaataatcatgatattgcattggatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGATTTGTGGGAAAGAGTAAAGTTGCCAAGGAATTATGAGAAGGCACTTGA
    ||      | || ||   ||     |     | | || ||  |      |  |||  || || ||||  | | ||     | | |   | |    ||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||  | || |||||| | || || |||||| | || || |  ||||| |||||
tgtgatttatggattgtttcctctttattaaaattacttctttagatcaaagctgtatgtggctgactatgttagtgattggtctctggttcttg----tgcagGAGTGTTTTATCTATACATGAAAACCATTGAAAGAGCCCATATGCCAAACAAATTATGGGAACGGGTTAAATTGCCACGAAACTACGGAAAGGCTCTTGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208200163|gb|GE001259.1|GE001259
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|208180997|gb|GD977194.1|GD977194
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|193623854|gb|FK575582.1|FK575582
EST:     CGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|193636957|gb|FK578982.1|FK578982
EST:     CGTGCCCCTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|254345742|gb|GR859389.1|GR859389
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|208152889|gb|GD950946.1|GD950946
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|21889376|gb|BQ742589.1|BQ742589
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|18690832|gb|BM519680.1|BM519680
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|208070582|gb|GD867563.1|GD867563
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|6502229|gb|AW203602.1|AW203602
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|208163411|gb|GD959789.1|GD959789
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|193639236|gb|FK586457.1|FK586457
EST:     CGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|208144651|gb|GD943830.1|GD943830
EST:     CCCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGACGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATTGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|298185435|gb|HO030648.1|HO030648
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|208268701|gb|GE067302.1|GE067302
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|193488212|gb|FK457953.1|FK457953
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
EST: gi|208050265|gb|GD845488.1|GD845488
EST:     CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATG                         GAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG
genomic: CTCGTGCCCTTTGGCTAATAGTCGCTATGCCACCATTCGCGATGACAATGgtacttttgc ... gatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggggaattcatggcagagtatgcaaataatcatgatattgcattggatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGATTTGTGGGAAAGAGTAAAGTTGCCAAGGAATTATGAGAAGGCACTTGA
                       aaataatcatgatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaatgcccctaatggttatcctgatgaatggccaatgctataagtggggaattcatggcagagtatgcaaataatcatgatattgcattggatgttgcagGAGTGTTTTACCTTTACATGAAAACTATCGAAAGAGCTCATATGCCGAAAGATTTGTGGGAAAGAGTAAAGTTGCCAAGGAATTATGAGAAGGCACTTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- -tgcccct
- - - - - - - - - -cctgatg
- - - - - - - - - - - - - - - -ccaatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgggga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catggca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcattg