Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gatataaaatagtttgtacttaatttcgatgtatatagatttcatatcgttttgtttttcactgttaaaactgttgacttgatgttaatttgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGGCAAACAAAGTTGAGATCTCAAGATTTTGAGGCAGAAAAAACCTTTTTGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G21850.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298173354|gb|HO016690.1|HO016690
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|15812582|gb|BI784857.1|BI784857
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTNACTTTGGACCTCATAGACCCG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACT-ACTTTGGACCTCCTAGACCCG
EST: gi|298192968|gb|HO033413.1|HO033413
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298196147|gb|HO044538.1|HO044538
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|254337559|gb|GR845236.1|GR845236
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|192303260|gb|FG997374.1|FG997374
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|16283411|gb|BI945537.1|BI945537
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298187642|gb|HO034791.1|HO034791
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGGTTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298196721|gb|HO041464.1|HO041464
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298165500|gb|HO011549.1|HO011549
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|120493993|gb|EH222160.1|EH222160
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|26057201|gb|CA800115.1|CA800115
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGTTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|208235095|gb|GE034573.1|GE034573
EST:     AAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|17963655|gb|BM270401.1|BM270401
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298181308|gb|HO022747.1|HO022747
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|193431024|gb|FK398198.1|FK398198
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|26057744|gb|CA800658.1|CA800658
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTATTGTGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298166158|gb|HO009129.1|HO009129
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTTAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|51341286|gb|CO982603.1|CO982603
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298175506|gb|HO018217.1|HO018217
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298178370|gb|HO024105.1|HO024105
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|31310657|gb|CD395860.1|CD395860
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|208333776|gb|GE129593.1|GE129593
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|20075446|gb|BQ094229.1|BQ094229
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298183228|gb|HO028213.1|HO028213
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|17022279|gb|BM093313.1|BM093313
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|298181401|gb|HO022840.1|HO022840
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|8669247|gb|BE190354.1|BE190354
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
EST: gi|31312403|gb|CD397606.1|CD397606
EST:     AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGAT                         GTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG
genomic: AACATGCGGAATGTCGAGAACGATCTCAAACAAGTTATGATGGCTATGATgtgagtttct ... tgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcgttttgtttttcactgttaaaactgttgacttgatgttaatttgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGGCAAACAAAGTTGAGATCTCAAGATTTTGAGGCAGAAAAAACCTTTTTGT
                                     tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                    atgttaatttgaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gatataaaatagtttgtacttaatttcgatgtatatagatttcatatcgttttgtttttcactgttaaaactgttgacttgatgttaatttgaatcccagGTTTTCTTTAATGGGATTGATAACAAACTACTTTGGACCTCCTAGACCCGGCAAACAAAGTTGAGATCTCAAGATTTTGAGGCAGAAAAAACCTTTTTGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- -ataaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgtt