Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaaaaatttccccatccacggataccattgtaaccatgattagttcttttcatagtttgtcttagaatgacattgacatcttttatggctttttattcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGAAGCTGCAGGATGGTTGGCTTGGCAATGGAGACAAGGTCCCACCAGCTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G21080.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G21080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os09g24540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
gtaaaaaaatttccccatccacggataccattgtaaccatgattagtt-cttttcatagtttgtcttagaatgacattgacatcttttatggctttttattcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGAAGCTGCAGGATGGTTGGCTTGGCAATGGAGACAAGGTCCCACCAGCTGA
 |  |||  | |     |        |  ||| |   | || | | || | | |  |  ||| | ||      || ||||| |  | | | | |  |  ||  |||||||||||||  | || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| | | ||| || ||||||||||| || || ||
-tttaaagctcttttggtt----aggattattctgttcgtggtaaatttcatgttgtttttttttttttgggtac-ttgac-tgctgtgttgttactggtt--tttcagCTAGGCACGTACTGTGCGAGAAGCAAGGGAAGATCAATGAAGCTTACAAGAAGTTGCAGGATGGCTGGTTGGACAACGGGGACAAGGTCCCTCCTGCCGA

upper sequence: GLYMA06G21080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G048277_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gtaaaaaaatttccccatccacggataccattgtaaccatgattagttcttttcatagtttgtcttagaatgacattgacatctt-ttatggctttttattcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGAAGCTGCAGGATGGTTGGCTTGGCAATGGAGACAAGGTCCCACCAGCTGA
  |||   | || |  | | |  |  ||  ||||  | ||| |||| | |||     |||     || |   |   |||  | |  |||||   |  |    ||  ||||||||||  |  | |||||||| || || |||||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||    ||||| ||||| || || || |||||
--aaattgagttgc--aactaacgtcactcttgtgtctatgcttagcttttt----ggttgcaagtaaagaaaagctgatttatgattatgttgtcctgcatctg-cagCTAGGCACGTATTGTGTGAGAAGCAGGGGAAGATCAATGAAGCTTATAAGAAGTTGCAGGATGGATGGCTGAATAATGGGGACAAAGTTCCTCCTGCTGA

upper sequence: GLYMA06G21080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G26550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
-----------------------------gtaaaaaaatttccccatccacggataccattg--taaccatgatt-----agttctttt-catagtttgtcttag---aatgacattgacatcttttatggctttttattcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGAAGCTGCAGGATGGTTGGCTTGGCAATGGAGACAAGGTCCCACCAGCTGA
                             || |      |||   |   |   ||||   |    ||  |||  |     |||||| || ||   ||||| ||||   |||  |||| |  ||   | |    || | ||  ||||||| || ||| |  | || ||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||| |  |||| ||||||||||| || || |||||
gtgtgttttttggattcgtttctgtgcctgttacctttgttcatgagtaaaaaatactggtaaacaaatatggatccaaaagttctcttacaacttttgtattagtacaatagcattaaagtcaaatctccaattgtttttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAAAGTTGCAGGATGGTTGGTTGAGCAACGGAGACAAGGTTCCTCCTGCTGA

upper sequence: GLYMA06G21080.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv17s0000g06430.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtaaaaaaatttccccatccacggataccattgtaaccatgattagttcttttcatagtttgtcttagaatgacattgacatcttttatggcttttta--ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGAAGCTGCAGGATGGTTGGCTTGGCAATGGAGACAAGGTCCCACCAGCTGA
         | ||| ||||  |       ||| ||      |||  |  |||   || ||  ||||      |  ||||    | || |||| ||| |  | |||| |||| || |||||| |||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||
--------gtctcctcatctgc-------attttagttggaattgttaatttaagtatttgatctt-----catgttgat---tgttctggcctttcaattcccttccagCAAGACATATCTTATGTGAGAAGCAAGGCAAAATTAATGAAGCATACAAGAAGCTACAAGATGGCTGGCTTAGTAATGGAGACAAGGTTCCACCAGCTGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21888702|gb|BQ741915.1|BQ741915
EST:     GGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: GGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|254326762|gb|GR836371.1|GR836371
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|58019562|gb|CX706304.1|CX706304
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|254317146|gb|GR826091.1|GR826091
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|9257985|gb|BE346108.1|BE346108
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGATATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|209723787|gb|BW668885.1|BW668885
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|6133782|gb|AW132175.1|AW132175
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|58021266|gb|CX708008.1|CX708008
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|254317147|gb|GR826092.1|GR826092
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|58019862|gb|CX706604.1|CX706604
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|192318789|gb|FK008001.1|FK008001
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAGCAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|151400100|gb|EV269914.1|EV269914
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|254326763|gb|GR836372.1|GR836372
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|192318790|gb|FK008002.1|FK008002
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAGCAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|31312264|gb|CD397467.1|CD397467
EST:     AAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|213614928|gb|DB957008.1|DB957008
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|151402207|gb|EV272020.1|EV272020
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCGAAG                         CTAGGCGTATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAACCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|192327814|gb|FK022079.1|FK022079
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|26057206|gb|CA800120.1|CA800120
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|192327815|gb|FK022080.1|FK022080
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|58015222|gb|CX701964.1|CX701964
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
EST: gi|10847591|gb|BF070243.1|BF070243
EST:     AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAG                         CTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA
genomic: AAAAGGTGGGAAAGGTGGAGATGGGCTTGGTACTTGCACCTATGTCAAAGgtaaaaaaat ... ttcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catagtttgtcttagaatgacattgacatcttttatggctttttattcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGAAGCTGCAGGATGGTTGGCTTGGCAATGGAGACAAGGTCCCACCAGCTGA
                    cattgac  putative branch site (score: 3)
                                      ctttttattcctttc  putative PPT
                                       tttttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaaaaaatttccccatccacggataccattgtaaccatgattagttcttttcatagtttgtcttagaatgacattgacatcttttatggctttttattcctttcagCTAGGCATATCCTATGTGAGAAACAAGGTAAGATCAATGAAGCCTACAAGAAGCTGCAGGATGGTTGGCTTGGCAATGGAGACAAGGTCCCACCAGCTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA