1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttctattgtatttacattgtcatgattatatgtagagagatgattaggctgtgggaaagtactaaacttcttgtgattaaattgtctcaatctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCATTCCTTACTTCAGCGGTGCGGCCTATGTTTACGAGCACTATGTTAGACCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G20570.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCATEST: gi|207775211|gb|GD749540.1|GD749540
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCATEST: gi|17023620|gb|BM094654.1|BM094654
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
aggctgtgggaaagtactaaacttcttgtgattaaattgtctcaatctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCATTCCTTACTTCAGCGGTGCGGCCTATGTTTACGAGCACTATGTTAGACCT
tactaaa putative branch site (score: 1)
tgattaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctattgtatttacattgtcatgattatatgtagagagatgattaggctgtgggaaagtactaaacttcttgtgattaaattgtctcaatctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCATTCCTTACTTCAGCGGTGCGGCCTATGTTTACGAGCACTATGTTAGACCT
- - - - - - - - -tgtcatg
- - - - - - - - - - - - - - tatgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aggctgt