Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttaatttgtttgtttttattttgctggctcgttatgttttaagctattgtttgagaatagattgattcatggtttatgatttctttgaacaatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCAATGGCTCACTTATTGGGTTCTCTATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G20570.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G20570.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os06g12220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-ttaat-ttgtttgtttttattttgctggctcgttatgttttaagctattgtttgagaatagattgattcatggtttatgatttctttgaacaatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCAATGGCTCACTTATTGGGTTCTCTATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTT
 | | | || |||  || || ||   |   | |  ||  ||| |    ||| ||     |    | ||  ||  | |||  || ||||   || | |  |||||||||||| || || ||||| || |  || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || || || |||||  | ||||| |||
gtaagtattattttgttgtaattcaatattttgccat--tttgattgtttgattatttctgttattatatata-tatatatttacttttcgcacttctgcagATATGCCTCTGTGAGAGCAATAGAAACAAAATCTCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACTTACTGGGTGCTGTACTCGTTTATCACTTTGTTTGAGCTT

upper sequence: GLYMA06G20570.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
ttaatttgtttgtttttattttgctggctcgtt-atgttttaagctattgtttgagaatagattgattcatggtttatgatttctttgaacaatgcct----cagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCAATGGCTCACTTATTGGGTTCTCTATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTT
    | ||||   |  ||| | | | |   |||  |||||||     || | |||||  | |||| || |   ||| || |||  | |     |  ||    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | |||||  ||||||| ||||| || || 
catgtatgttctataatatgtggtttgaatgtttgtgttttag----ttttctgagagaaaattgcttgaaacttt-tgttttggtgggctggtttctttgacagATATGCCTCAATTAGGGCAATTGAGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209727462|gb|BW651957.1|BW651957
EST:     GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
EST: gi|298187817|gb|HO031774.1|HO031774
EST:     GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
EST: gi|208325936|gb|GE121900.1|GE121900
EST:     TTGCTGGGCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: TTGCTGGGCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
EST: gi|298168324|gb|HO014499.1|HO014499
EST:     GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
EST: gi|192326557|gb|FK018834.1|FK018834
EST:     GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
EST: gi|298168765|gb|HO009695.1|HO009695
EST:     GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
EST: gi|207769797|gb|GD741789.1|GD741789
EST:     CTTGCTGGGCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: CTTGCTGGGCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
EST: gi|26045617|gb|CA783151.1|CA783151
EST:     GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
EST: gi|193419106|gb|FK382280.1|FK382280
EST:     GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
EST: gi|192310282|gb|FK002610.1|FK002610
EST:     GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
EST: gi|6667545|gb|AW278996.1|AW278996
EST:     GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
EST: gi|192310283|gb|FK002611.1|FK002611
EST:     GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCT                         ATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA
genomic: GCCTGTGCTTAGTCTTGCCTATCCTCTgtaagtgcac ... aatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attgtttgagaatagattgattcatggtttatgatttctttgaacaatgcctcagATATGCCTCAGTTAGGGCAATTGAGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCAATGGCTCACTTATTGGGTTCTCTATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTT
              gattgat  putative branch site (score: 4)
                           tttatgatttcttt  TA-rich tract