Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttggtctctgctgtgttgaattgttgtgttgttatgttgtgttttgtggtgttaatgttgattattatgtgtggcagCTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTCACTAATATGAGTCTTGGGAAGGTGGCCGTGTCTTTCACTCACACTATCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G19250.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G19250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv17s0000g08560.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtaatttggtctctgctgtgttgaattgttgtgttgttatgttgtgttt----tgtggtgttaatgttgattattatgtgtggcagCTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTCACTAATATGAGTCTTGGGAAGGTGGCCGTGTCTTTCACTCACACTATCA
||| ||   | | || || |   |||  |  | |     | |||  |||    ||   |  | ||  ||  ||||   | |  ||||||| ||| ||  |||| || ||||  ||||| || || || ||||| || |||||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||| || |
gtatttcaatgt-tgttgggggtaatcctgttttcaaattattgaatttacattgcacttcttattgtgtctatt-cattttacagCTTGTAGCAATCCTGCCACTTGCTGTGGTGCACACGTTAGGCAACCTGTTTACTAATATGAGTCTTGGGAAAGTGTCTGTTTCATTCACTCACACAATTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15204358|gb|BI427126.1|BI427126
EST:     TATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATG                         CTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
genomic: TATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATGgtaatttggt ... tgtgtggcagCTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
EST: gi|22522844|gb|BU081655.1|BU081655
EST:     CGAAACTCAGTGGTGCTATG                         CTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
genomic: CGAAACTCAGTGGTGCTATGgtaatttggt ... tgtgtggcagCTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
EST: gi|193309915|gb|FK277927.1|FK277927
EST:     TTATGTGGGGTTTGAATCTCTATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATG                         CTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
genomic: TTATGTGGGGTTTGAATCTCTATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATGgtaatttggt ... tgtgtggcagCTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
EST: gi|19452481|gb|BM953891.1|BM953891
EST:     TTATGTGGGGTTTGAATCTCTATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATG                         CTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
genomic: TTATGTGGGGTTTGAATCTCTATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATGgtaatttggt ... tgtgtggcagCTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
EST: gi|208171768|gb|GD966201.1|GD966201
EST:     TTATGTGGGGTTTGAATCTCTATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATG                         CTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
genomic: TTATGTGGGGTTTGAATCTCTATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATGgtaatttggt ... tgtgtggcagCTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
EST: gi|15204323|gb|BI427091.1|BI427091
EST:     TATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATG                         CTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
genomic: TATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATGgtaatttggt ... tgtgtggcagCTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
EST: gi|17518865|gb|BM187907.1|BM187907
EST:     TTATGTGGGGTTTGAATCTCTATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATG                         CTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC
genomic: TTATGTGGGGTTTGAATCTCTATAAGAGGCCGAAACTCAGTGGTGCTATGgtaatttggt ... tgtgtggcagCTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgtgttgttatgttgtgttttgtggtgttaatgttgattattatgtgtggcagCTTGGAGCGATTTTGCCGCTGGCTGCAGTGCATACTTTGGGGAACCTTTTCACTAATATGAGTCTTGGGAAGGTGGCCGTGTCTTTCACTCACACTATCA
                             ttaatgttgattatta  TA-rich tract