Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtactttccttgccacaactcctttttctacattaagttttttccttgcaaatttaacctactcaaatcatgattatttgcactgttgtgacttccttcttttgttttttaggttccagttatgtttttgtattgtatatattttttttaataattattactaattacttttatatgaacataacttctttaatagATGGTCAGCAATAGCAACCCACCTTCCAGGCAGGACAGACAATGAGATAAAGAATTTCTGGAACACTCACTTAAAGAAAAAGCTGATTCAGATGGGCTTT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G10840.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA06G10840.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G159547_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtactttccttgccacaactcctttttctacattaagttttttccttgcaaatttaacctactcaaatcatgattatttgcactgttgtgacttccttcttttgttttttaggttccagttatgtttttgtattgtatatattttttttaataattatt-actaattacttttat-atgaacataacttctttaatagATGGTCAGCAATAGCAACCCACCTTCCAGGCAGGACAGACAATGAGATAAAGAATTTCTGGAACACTCACTTAAAGAAAAAGCTGATTCAGATGGGCTTT
| | || || | | || | | | | |||||| ||||| || | | || | || | | ||| || | ||| || | | ||||||||||| || |||| ||||| || || |||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| || |||||||||||
---------------------------------------------------------------------------------------gctagtttgtttcactctaacttcaataac--tcgtatttttgacttgtacgtagtgcatgctatgctaatccagtgtcaactgttgtcatggtcaaacc---------agATGGTCAGCTATCGCAAAGCACCTCCCTGGGCGGACTGATAACGAGATCAAGAATTTCTGGAACACGCACCTGAAGAAGAAGCTCATCCAGATGGGCTTCMapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|213600738|gb|DB956444.1|DB956444EST: CAAGAAGAGGAGCAAACAATTCTGCATCTCCATTCCATCCTTGGAAACAA ATGGTCAGCAATAGCAACCCACCTTCCAGGCAGGACAGACAATGAGATAAA
genomic: CAAGAAGAGGAGCAAACAATTCTGCATCTCCATTCCATCCTTGGAAACAAgtactttcct ... tctttaatagATGGTCAGCAATAGCAACCCACCTTCCAGGCAGGACAGACAATGAGATAAA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ttttttttaataattattactaattacttttatatgaacataacttctttaatagATGGTCAGCAATAGCAACCCACCTTCCAGGCAGGACAGACAATGAGATAAAGAATTTCTGGAACACTCACTTAAAGAAAAAGCTGATTCAGATGGGCTTT
cttcttt CT-rich tract
tttaataattattact TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtactttccttgccacaactcctttttctacattaagttttttccttgcaaatttaacctactcaaatcatgattatttgcactgttgtgacttccttcttttgttttttaggttccagttatgtttttgtattgtatatattttttttaataattattactaattacttttatatgaacataacttctttaatagATGGTCAGCAATAGCAACCCACCTTCCAGGCAGGACAGACAATGAGATAAAGAATTTCTGGAACACTCACTTAAAGAAAAAGCTGATTCAGATGGGCTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG