Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtttttcgaaatttgattctgaattactagggtctcggattgggggagtgggtcttgtttttgtttctcaatgttgatggcattttatttgtaatcacagGTTTAACCTTAGCGCCGCTTGTTGTGAAAGTAGATCCGAATTTGAATGTTATTTTGACTGCTTGCCTCACTGTGTTTGTGGGATGTTACCGCTCCGTTAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G08620.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6072670|gb|AW102057.1|AW102057
EST:     GTTAAGGAGAATGAAGAATACGGAACGAATTGCCAATTTGGCTTTAGCAG                         GTTTAACCTTAGCGCCGCTTGTTGTGAAAGTAGATCCGAATTTGAATGTTA
genomic: GTTAAGGAGAATGAAGAATACGGAACGAATTGCCAATTTGGCTTTAGCAGgtttgcttct ... gtaatcacagGTTTAACCTTAGCGCCGCTTGTTGTGAAAGTAGATCCGAATTTGAATGTTA
EST: gi|213600256|gb|DB964336.1|DB964336
EST:     GTTAAGGAGAATGAAGAATACGGAACGAATTGCCAATTTGGCTTTAGCAG                         GTTTAACCTTAGCGCCGCTTGTTGTGAAAGTAGATCCGAATTTGAATGTTA
genomic: GTTAAGGAGAATGAAGAATACGGAACGAATTGCCAATTTGGCTTTAGCAGgtttgcttct ... gtaatcacagGTTTAACCTTAGCGCCGCTTGTTGTGAAAGTAGATCCGAATTTGAATGTTA
EST: gi|208301257|gb|GE098600.1|GE098600
EST:     GTTAAGGAGAATGAAGAATACGGAACGAATTGCCAATTTGGCTTTAGCAG                         GTTTAACCTTAGCGCCGCTTGTTGTGAAAGTAGATCCGAATTTGAATGTTA
genomic: GTTAAGGAGAATGAAGAATACGGAACGAATTGCCAATTTGGCTTTAGCAGgtttgcttct ... gtaatcacagGTTTAACCTTAGCGCCGCTTGTTGTGAAAGTAGATCCGAATTTGAATGTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagtgggtcttgtttttgtttctcaatgttgatggcattttatttgtaatcacagGTTTAACCTTAGCGCCGCTTGTTGTGAAAGTAGATCCGAATTTGAATGTTATTTTGACTGCTTGCCTCACTGTGTTTGTGGGATGTTACCGCTCCGTTAA
                          tgttgat  putative branch site (score: 4)
                                    attttatttgtaatca  TA-rich tract