Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatatctttttgcctttactagcttgcatttgttgttgtgaatttgacagtggattttccttttacaataatactgattaagtcaatctacttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTTTATGGTCTCATTGTTGGTATTATCCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G00980.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G00980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os11g06890.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
atatatctttttgcctttactagcttgcatttgttgttgtgaatttga---------cagtggattttccttttacaataatactgattaagtcaatctacttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTTTATGGTCTCATTGTTGGTATTATCCTG
          | |   ||  |  ||  | ||||| |||| ||  ||||          |       | | ||  |  | ||| |||||        |     |   ||| || |||||||| |||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| 
--------cctcggtgttcatgactaccctttgt-gttgagagcttgaggctactcctaagctgcctactttggattacaattctgatatctcttgttggtgttggcagGGCAAATGCACAGCAACCAAAGCTTTTCGTGGGCATGATCCTCATCCTCATTTTCGCAGAAGCGCTTGCCCTGTATGGTCTCATTGTGGGCATCATCCTC

upper sequence: GLYMA06G00980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g34510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
atatatctttttgcctttactagcttgcatttgttgttgtgaatttgacagtggattttccttttacaataatactgattaagtcaatctacttctac----agAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTTTATGGTCTCATTGTTGGTATTATCCTG
  || || |    | ||    ||||||  |          ||||||     |  ||  |    ||       |  |   |||   ||||||||| | |    || || ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||| ||
--atttcatgacactttgtgcagcttgattggaaccacaggaattttgatttttatgctttgcttggtgcgctgtt--ctaacataatctacttttgctctcagGGCAAATGCTCAACAGCCAAAACTGTTTGTGGGTATGATCCTCATCCTTATCTTTGCGGAAGCGCTTGCACTCTATGGTCTCATTGTTGGTATCATCTTG

upper sequence: GLYMA06G00980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g01560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-atatatctttttgcctttactagcttgcatttgttgttgtgaatttgacagtggattttccttttacaataatact--gattaagtcaatctacttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTTTATGGTCTCATTGTTGGTATTATCCTG
 | ||| |   | |  ||| ||  ||  |  ||  | |||| | |    || |    ||| |    | | | | | |  | |   ||  | || | ||| ||| |||||||| || || |||||  | || || || ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| 
aaaatagcagatagagttt-ctttctatctgttactattgtaagtaaagcactcttgtttgcaggaa-attgacatttggttctggtttacct-cctctgcagGGCCAATGCGCAGCAGCCAAAGTTGTTCGTGGGCATGATCCTCATCCTTATCTTTGCAGAAGCTCTTGCTCTGTATGGCCTGATTGTTGGTATCATCCTC

upper sequence: GLYMA06G00980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
atatatctttttgcctttactagcttgcatttgttgttgtgaatttgacagtggattttcctt-ttacaataatac----tgattaagtcaatctacttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTTTATGGTCTCATTGTTGGTATTATCCTG
     |         | | |||| | | |  |  | || | || | ||   ||  |  ||       ||| |   |    |  | |      |    || | ||| || || || || || || ||  | |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| 
-----ttcaaagagttgtcctagttcgaaaattatattatcaactggaacctgtctactctagaccgcaacatctctccgtcctaacacttgttcttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTCTATGGTCTCATCGTCGGCATTATCCTC

upper sequence: GLYMA06G00980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G177005_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
atatatctt-tttgcctttactagcttgcatttgttgttgtgaatttgaca-gtggattttccttttacaataatactgattaagtcaatctacttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTTTATGGTCTCATTGTTGGTATTATCCTG
   || ||    |||   |     || || ||| || || |  |   ||    |||   ||    ||  | |   ||| |||   |    |  |   | ||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| 
-agtagctcacatgcaactttctcctggcgtttcttcttttacagaggaggcatgggaattgaaattttagtttgactaatttt-tgggccaccgatttcagGGCAAATGCGCAACAGCCAAAGCTTTTCGTTGGCATGATCCTCATCCTCATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTCTATGGTCTAATTGTTGGAATTATCCTT

upper sequence: GLYMA06G00980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AC216067.3_FGT002 (Zea mays), 3'ss of exon 2
atatatctttttgcctttactagcttgcatttgttgttgtgaatttgacagtggattttccttttacaataatactgattaagtcaatctacttcta----cagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTTTATGGTCTCATTGTTGGTATTATCCTG
   ||   |  |  ||||    | || | | | ||   | |    |    |   ||||     ||  |||  || ||| | | |   |   |  ||     ||| || ||||||||||| || || |||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||| 
---taatctcctttctttgagcgttt-cttcttttaaggaggcagtacatgcttatttgggaattgaaattttattgacttattttctgggccactgatttcagGGCGAATGCACAACAGCCGAAGCTTTTTGTGGGCATGATCCTCATCCTCATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTGTACGGTCTCATTGTTGGAATTATCCTT

upper sequence: GLYMA06G00980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv03s0038g00790.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
atatatctttttgcctttactagctt--gcatttgttgttgtgaatttgacagtggattttccttttacaataatactgattaagtcaatctac------ttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTTTATGGTCTCATTGTTGGTATTATCCTG
         | | | ||      |||  | ||  |||| | ||    |||      ||| |   ||   |  | || | || |  | ||||||       || | ||| || ||||| || || || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || || || |||||||| |||||| ||
------gactgtactttggacgactttaggataagttgctttgg--ctgaggacaaattctttgttagtaggactaatcataatttgaatctatgatttgttttgcagGGCTAATGCGCAGCAGCCTAAACTTTTTGTTGGTATGATCCTCATTCTCATCTTTGCTGAAGCACTGGCCCTATACGGCCTTATTGTTGGCATTATCTTG

upper sequence: GLYMA06G00980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ14420 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
atatatctttttgcctttactagcttgcatttgttgttgtgaatttgacagtggattttccttttacaataatactgattaagtcaatctacttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTTTATGGTCTCATTGTTGGTATTATCCTG
                             |  |||    |  ||   |       |||| |||  | |     | |||||  ||   | |   | | ||| || ||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||  | || || || ||||||||||| || || ||||||
----------------------------gtaagtt-cgatcgatcaaaagccatctttttcttcgatatctccattgattg-gtttgtttttctttgcagGGCGAATGCGCAGCAACCCAAGCTTTTTGTTGGAATGATCCTCATTCTCATCTTTGCCGAGGCTTTGGCTCTATACGGTCTCATTGTGGGAATCATCCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192324845|gb|FK015356.1|FK015356
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|298189461|gb|HO037864.1|HO037864
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|209711726|gb|BW676865.1|BW676865
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|15285065|gb|BI468956.1|BI468956
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGGTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|21887906|gb|BQ741119.1|BQ741119
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|22523912|gb|BU082723.1|BU082723
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|298165361|gb|HO011410.1|HO011410
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|192297106|gb|FG988202.1|FG988202
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|298197619|gb|HO045098.1|HO045098
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|298182985|gb|HO028248.1|HO028248
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|11687404|gb|BF595080.1|BF595080
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|213616561|gb|DB967197.1|DB967197
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|21678191|gb|BQ630542.1|BQ630542
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|37996309|gb|CF807898.1|CF807898
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|5057934|gb|AI736410.1|AI736410
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTNTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|6951617|gb|AW423685.1|AW423685
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATNCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|12688337|gb|BG154673.1|BG154673
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|193469408|gb|FK437658.1|FK437658
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|298194380|gb|HO041028.1|HO041028
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|192327896|gb|FK022119.1|FK022119
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTCGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|27424406|gb|CA935926.1|CA935926
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|120533189|gb|EH261322.1|EH261322
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|16280825|gb|BI944165.1|BI944165
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|23725814|gb|BU760874.1|BU760874
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|298184539|gb|HO029752.1|HO029752
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|19346202|gb|BM891082.1|BM891082
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|151403531|gb|EV273341.1|EV273341
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|213590541|gb|DB968105.1|DB968105
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|209722365|gb|BW680131.1|BW680131
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAGTGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|6964465|gb|AW433158.1|AW433158
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|192324769|gb|FK016870.1|FK016870
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|120533296|gb|EH261429.1|EH261429
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|9258617|gb|BE346764.1|BE346764
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT
EST: gi|7691796|gb|AW759917.1|AW759917
EST:     GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAG                         AGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTGTGGTGGAATGATTCTCATACTCAT
genomic: GGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgtacaaaagc ... acttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgacagtggattttccttttacaataatactgattaagtcaatctacttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTTTATGGTCTCATTGTTGGTATTATCCTG
                           tactgat  putative branch site (score: 2)
                                          tctacttct  putative PPT
                ttttacaataatactg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atatatctttttgcctttactagcttgcatttgttgttgtgaatttgacagtggattttccttttacaataatactgattaagtcaatctacttctacagAGCCAATGCACAACAACCAAAACTTTTTGTTGGAATGATTCTCATCCTCATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTTTATGGTCTCATTGTTGGTATTATCCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - ttttgcc
- - - - - - - - - - - gcttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - gttgttg