Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtggtttgacgatgcgcaatgctgtgaattcaatttattggccattgtgctctcttttgcctactacaccttttcactttctcgtgtttttcccccccttctgtcagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAATCACAATCGAATGCACAAGCCATGTTCAATCTTGGATACATGCATGAGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G33770.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G33770.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g15350.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgtggtttgacgatgcgcaatgctgtgaattcaatttattggccattgtgctctcttttgcctactacaccttttcactttctcgtgtttttcccccccttctgt----cagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAATCACAATCGAATGCACAAGCCATGTTCAATCTTGGATACATGCATGAGC
            |  ||     ||||  |   |  |   |   ||||  || | |||  |      || |    |  | || || | || ||         ||| |||    ||||||  || ||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| || ||||||||||
------------aaaattgcttatgcacttcttatatactgggggcctctgcgttct--taaagagaccattattgctgacattgt-gtattggatgtgtacttttgtattacagGGTGTTGGCAGGGATTACGAGCGTGCAGCCGAGGCATATATGCATGCGCAATCACAATCTAATGCTCAGGCCATGTTTAACCTTGGTTATATGCATGAGC

upper sequence: GLYMA05G33770.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G18260.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
---------------gtatgtggtttgacgatgcgc--aatgctgtgaattcaatttattggccattgtgctctcttttgcctactacac-cttttcactttctcgtgtttttcccccccttctgt----------cagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAATCACAATCGAATGCACAAGCCATGTTCAATCTTGGATACATGCATGAGC
                || |    | ||  |||  |  |||   ||  |  || | ||      ||||   |  ||       |||  |  ||| || | |  |  | | | | | | | |||| |           |||| ||||  || |||| || ||| || || || || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| |
gtgagtttacctcgtataagaaactagattatgaacctaataacgttgagaca-tgtaacaatgattgaattagctagaaaaaacttgatacttgtcgcctgattctctctcttctctcgttctttgatctctaaatagGGAACTGAGAGAGATTTTGTGCGTGCGGCAGAAGCATACATGCATGCTAAATCACAGTCCAATGCGCAAGCAATGTTCAACCTCGGTTACATGCATGAAC

upper sequence: GLYMA05G33770.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G73570.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
-------------------------------------------------gtatgtggtttgacgatgcgcaatgctgt--gaattcaatttatt-----ggccattgtgctctcttttgcctactacaccttttcactttctcgtgtttttcccccccttctgtcagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAATCACAATCGAATGCACAAGCCATGTTCAATCTTGGATACATGCATGAGC
                                                 | || |  ||      |     || |  |    |||  |||| |      |  |||  | |||  |  ||    ||| || ||  |   ||||       |    | | |  |  |||||||| |  |||||||  | ||| || || ||||| || ||| |||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || || |||||||||||||
gtaagtctacttacgcttgaagtttatgaattgtgaacatacggacaatggatataattgtcacttatctcatcccattcacatttgatttttccaagagaacatatttctcattcatgaaatctagacgttaactgattctatgaggctcatactcatgttcacagGGTACAGAGAGGGATTTCGTGCGTGCAGCAGAGGCGTACATGTATGCTAAATCTCAATCAAATGCGCAAGCAATGTTCAACCTCGGTTACATGCATGAGC

upper sequence: GLYMA05G33770.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv17s0000g02280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
----------gtatgtggtttgacgatgcgcaatgctgtgaattcaat-ttattggccattgtgctctcttttgcctactacac---------cttttcactttct----------cgtgtttttcccccccttctgtcagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAATCACAATCGAATGCACAAGCCATGTTCAATCTTGGATACATGCATGAGC
           ||  ||| || |   ||  |   ||| |   | ||    |  ||    | ||   |  || ||    | | ||          || | | ||| |           || |   | |   || | | |||||||||||  || |||||||| ||||||||  |||| || |||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
gtatgtgtctataaatgggttaatcctgt-cggagctctaggtccaggacttctgattctagtatgcatttatgttctccatacaatgtaaattttcttaatttttatttatttattgtttaccttctttccctttctcagGGTACTGAGAGAGATTATGATCGAGCTGCAAAGGCATACATGCATGCCAAGTCCCAATCCAATGCACAAGCCATGTTCAACCTTGGGTACATGCATGAGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58021435|gb|CX708176.1|CX708176
EST:     GTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCGTATTACTATGGTCGG                         GGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
genomic: GTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCGTATTACTATGGTCGGgtatgtggtt ... cttctgtcagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
EST: gi|58015158|gb|CX701900.1|CX701900
EST:     GTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCGTATTACTATGGTCGG                         GGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
genomic: GTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCGTATTACTATGGTCGGgtatgtggtt ... cttctgtcagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
EST: gi|192303882|gb|FG998234.1|FG998234
EST:     GTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCGTATTACTATGGTCGG                         GGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
genomic: GTAATGAACATGCTGCTTTACTCATTGGAGATGCGTATTACTATGGTCGGgtatgtggtt ... cttctgtcagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
EST: gi|6746941|gb|AW317397.1|AW317397
EST:     TAATGAACAT-CTCGCTTTACTCATTGNAGATGCGTATTACTATGGTCGG                         GGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA
genomic: TAATGAACATGCT-GCTTTACTCATTGGAGATGCGTATTACTATGGTCGGgtatgtggtt ... cttctgtcagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttttgcctactacaccttttcactttctcgtgtttttcccccccttctgtcagGGTACTGCCAGGGATTATGAGCGAGCTGCTGAGGCTTATATGCATGCTAAATCACAATCGAATGCACAAGCCATGTTCAATCTTGGATACATGCATGAGC
           ctacaccttttcactt  CT-rich tract
                                tgttttt  TA-rich tract