Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatcgataggagtttagttcagatgttatctaattgtttctgtaaaagggcacaaaaggtgttgttgtctgttattaatgagctgattatatgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCAGATATCGAAACTCGCATAGAACTCATCAAAACGTTGAACAGTGTGTCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G32030.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G32030.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT5G64760.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
--------------------------------------------------------tatcgatag---gagtttagttcagatgttatctaattgtttctgtaaaagggcacaaaaggtgttgttgtctgttattaatgagctgattatatg-tttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCAGATATCGAAACTCGCATAGAACTCATCAAAACGTTGAACAGTGTGTCTG
                                                        | |||||     |       |||   ||   ||| | | || |||  |||  | |  ||       ||    | ||   | ||    | |    || ||||||||| |||  | | |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||| || |||||||| || || || || || ||  | |||| |||  |||
gtcacactactttctatcgatttagcttttgaaacctgcttgtggtagtttaaggttttcgattacttggaacggtttctactgagttctgaatcttactgagaaattgaatgaagaactgagtgagatattgaaagtggttaggtctcttgatttgcagGCTGTACAATCCATGGTGCAACAAGCAATGCAGTATATTGATCAGACACTAGACATAGAAACTCGGATTGAGCTTATTAAGACTCTAAACAATGTAGCTG

upper sequence: GLYMA05G32030.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S58_256V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
--tatcgataggagtttagt-tcagatgttatctaattgtttctgtaaaagggcacaaaaggtgttgttgtctgttattaatgagctgattatatgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCAGATATCGAAACTCGCATAGAACTCATCAAAACGTTGAACAGTGTGTCTG
  |  |  ||   | ||| | |  |  || | | |  |     ||| |     |     ||   |      ||     ||  |   |||| ||   | ||||||| || || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||  | |||||||| || ||  | ||  | ||  | |||| ||| ||||
cctcacattaattgcttattatttggcgtcagcgagct--cattgtcacttctcgattcagtcataacgaactaaaggtatggcattgatgatg-atatgcagGCTGTGACTGCGATGGTGCAGCAAGCTATGCAGTATATTGATGAAACTCCAGACGTAGAAACTCGAATTGAGTTGATTCAGACTCTCAACACTGTATCTG

upper sequence: GLYMA05G32030.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S257_89V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
---tatcgataggagtttagttcagatgt-tatctaattgtttctgtaaaagggcacaaaaggtgttgttgtctgttattaatgagctgattatatgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCAGATATCGAAACTCGCATAGAACTCATCAAAACGTTGAACAGTGTGTCTG
      |       |  ||  ||   |||  ||   || ||  |        |||  ||    | |   ||    | |    |||  |  ||  |  |||||||||||| ||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||| | |||||||| || | ||| ||| | ||  | |||| |||||| |
gtgaggcagccctcgaataaatcgattgtacatgagatggtagccactgctaggcttaa----tctcaatggacttaagctgtgacttctttggagatttgcagGCCGTGACTTCAATGGTGCAGCAAGCTATGCAGTATATAGATGAAACTCCAGATGTTGAAACTCGTATTGCACTGATCGAGACTCTCAACACTGTGTCCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27426310|gb|CA937830.1|CA937830
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|37996134|gb|CF807723.1|CF807723
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|19271260|gb|BM887516.1|BM887516
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|18039945|gb|BM308239.1|BM308239
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|24206051|gb|BU965304.1|BU965304
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|26047818|gb|CA784480.1|CA784480
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|37997022|gb|CF808611.1|CF808611
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|17519815|gb|BM188857.1|BM188857
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|7925406|gb|AW831371.1|AW831371
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|308098502|gb|HO760243.1|HO760243
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|151401327|gb|EV271141.1|EV271141
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAGCAG                         GCCGTAACAGCTAT-GTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|23731285|gb|BU763760.1|BU763760
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|7795120|gb|AW780517.1|AW780517
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|192295223|gb|FG986942.1|FG986942
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
EST: gi|192309222|gb|FG999449.1|FG999449
EST:     TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAG                         GCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA
genomic: TCAATGACCAGATTGTCGTTTTGTCAAAACGACGTGGCCAGCTCAAACAGgtactccgtg ... atgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagggcacaaaaggtgttgttgtctgttattaatgagctgattatatgtttgcagGCCGTAACAGCTATGGTGCAACAAGCTATGCAATATATTGATGAGACACCAGATATCGAAACTCGCATAGAACTCATCAAAACGTTGAACAGTGTGTCTG
                                        attatatgttt  TA-rich tract