1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aaccatcttgtaataaacttttgattcaacaaaattggctttgacccttgcttttctcttgttattgttgttgttggcccccttattttttttaccaaagGTACACAATGATGGTAGATCAAATATGACTTCTCATGGAAGGAAAGCAAGCATCCGGGACTTTTATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G27640.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATGCTTTCTACACAGATATCTTGACCTCTTCCACATAGTTGTATACAAG GTACACAATGATGGTAGATCAAATATGACTTCTCATGGAAGGAAAGCAAGCEST: gi|192312158|gb|FK005657.1|FK005657
genomic: CATGCTTTCTACACAGATATCTTGACCTCTTCCACATAGTTGTATACAAGgtaaatacct ... tttaccaaagGTACACAATGATGGTAGATCAAATATGACTTCTCATGGAAGGAAAGCAAGC
EST: CATGCTTTCTACACAGATATCTTGACCTCTTCCACATAGTTGTATACAAG GTACACAATGATGGTAGATCAAATATGACTTCTCATGGAAGGAAAGCAAGC
genomic: CATGCTTTCTACACAGATATCTTGACCTCTTCCACATAGTTGTATACAAGgtaaatacct ... tttaccaaagGTACACAATGATGGTAGATCAAATATGACTTCTCATGGAAGGAAAGCAAGC
ccttgcttttctcttgttattgttgttgttggcccccttattttttttaccaaagGTACACAATGATGGTAGATCAAATATGACTTCTCATGGAAGGAAAGCAAGCATCCGGGACTTTTATG
cccccttatttttttt CT-rich tract
ttattttttttaccaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaccatcttgtaataaacttttgattcaacaaaattggctttgacccttgcttttctcttgttattgttgttgttggcccccttattttttttaccaaagGTACACAATGATGGTAGATCAAATATGACTTCTCATGGAAGGAAAGCAAGCATCCGGGACTTTTATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - -aacaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ggctttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccccctt