1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tggtggtttatgctagtaggttctgtcaactactatttttttttctttcttttcaaatcctttatttcttacgtatcgtcccttttgaatgtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCTCCATCAGATGAATATGGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G37120.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|192309529|gb|FK000191.1|FK000191
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|151401263|gb|EV271077.1|EV271077
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|9258998|gb|BE347145.1|BE347145
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|17963409|gb|BM270158.1|BM270158
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|18692713|gb|BM521561.1|BM521561
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|213620429|gb|DB957326.1|DB957326
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|151396767|gb|EV266640.1|EV266640
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|19347879|gb|BM892503.1|BM892503
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|31561132|gb|CD486970.1|CD486970
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|298187616|gb|HO034765.1|HO034765
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|7795303|gb|AW780700.1|AW780700
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|192329978|gb|FK021564.1|FK021564
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCAACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|15813356|gb|BI785631.1|BI785631
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|4396798|gb|AI495795.1|AI495795
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|192300142|gb|FG989264.1|FG989264
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|298169520|gb|HO020880.1|HO020880
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|19348668|gb|BM893200.1|BM893200
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|192295190|gb|FG986909.1|FG986909
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|298185314|gb|HO030527.1|HO030527
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|15287608|gb|BI471499.1|BI471499
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|7685411|gb|AW756059.1|AW756059
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|254318262|gb|GR832430.1|GR832430
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|298165799|gb|HO008770.1|HO008770
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|9564337|gb|BE473846.1|BE473846
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|151409150|gb|EV278958.1|EV278958
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAGGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|18038851|gb|BM307145.1|BM307145
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCATCTGCEST: gi|11690340|gb|BF598016.1|BF598016
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|298186801|gb|HO037434.1|HO037434
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCEST: gi|151402916|gb|EV272729.1|EV272729
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
EST: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGG GTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
genomic: GGGTTGAAGAAGCTTGATGAGTACCTTCTCCCACGCAGCTACATCACCGGgtatgtcact ... gtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGC
tttcttttcaaatcctttatttcttacgtatcgtcccttttgaatgtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCTCCATCAGATGAATATGGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGAT
ttcttac putative branch site (score: 2)
tgctttt putative PPT
tttatttctta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggtggtttatgctagtaggttctgtcaactactatttttttttctttcttttcaaatcctttatttcttacgtatcgtcccttttgaatgtgcttttagGTACCAAGCTACAAAGGATGATCTTACTGTTTATGCAGCTTTGCCAACTGCTCCATCAGATGAATATGGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
tggtggt
- - - - tatgcta
- - - - - - - - - - ttctgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccttttg