Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tattatttaatactagtatgtgttataatgctctgaagtacttattaaaattaatgctttggaagagttgtttttcaaatggttatttttgcaatgtcagGTGGGCTCAAATTGCAGCTCAATTACCAGGGAGAACAGATAATGAGATTAAGAACTTTTGGAATTCATGTTTGAAGAAGAAGCTAATGAAGCAAGGGATT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G36110.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA04G36110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv17s0000g09080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
-tattatttaatactagtatgtgttataatgctctgaagtacttattaaaattaatgctttggaagagttgtttttcaaatggttatttttgcaatgtcagGTGGGCTCAAATTGCAGCTCAATTACCAGGGAGAACAGATAATGAGATTAAGAACTTTTGGAATTCATGTTTGAAGAAGAAGCTAATGAAGCAAGGGATT
||| || || | | | | | | | | || || | ||| || || | | || |||| | ||| | ||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||
gtatggaaaaacaccccagaaccctctcaggatttccaatttttggtatgaaaaat----tgaaatgggtattc-----atggattctttgggaattgcagGTGGGCTCAGATTGCAGCACAATTGCCAGGAAGAACAGACAATGAGATTAAGAACTTTTGGAACTCATGCTTGAAGAAGAAGCTACTGAAGCAAGGCATGMapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|151401352|gb|EV271166.1|EV271166EST: CAACAAGAGGAGGATCTTATAATTAGTCTTCATGAAGTTCTAGGAAATAG GTGGGCTCAAATTGCAGCTCAATTACCAGGGAGAACAGATAATGAGATTAA
genomic: CAACAAGAGGAGGATCTTATAATTAGTCTTCATGAAGTTCTAGGAAATAGgtataattaa ... gcaatgtcagGTGGGCTCAAATTGCAGCTCAATTACCAGGGAGAACAGATAATGAGATTAA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.taaaattaatgctttggaagagttgtttttcaaatggttatttttgcaatgtcagGTGGGCTCAAATTGCAGCTCAATTACCAGGGAGAACAGATAATGAGATTAAGAACTTTTGGAATTCATGTTTGAAGAAGAAGCTAATGAAGCAAGGGATT
aattaat putative branch site (score: 3)
tttttgc putative PPT
aaatggttattttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tattatttaatactagtatgtgttataatgctctgaagtacttattaaaattaatgctttggaagagttgtttttcaaatggttatttttgcaatgtcagGTGGGCTCAAATTGCAGCTCAATTACCAGGGAGAACAGATAATGAGATTAAGAACTTTTGGAATTCATGTTTGAAGAAGAAGCTAATGAAGCAAGGGATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - -gtatgtg
- - - - - - - - - - - - - aatgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaattaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctttgg