Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtactttccttgccacaactactttttctacatttagttttttccttgaaaatttaaccaattcaaatcttatctccatatgattatttgcactgtttttaatttttaggttccagttatgtttttgtattgtttattttttttataataattattacttagttttaatatgcacacataacttctttaatagATGGTCATCAATTGCAACCCACCTTCCAGGCAGGACAGACAATGAGATCAAGAATTTCTGGAACACTCACTTAAAGAAAAAGCTGATTCAGATGGGTTTT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G11040.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA04G11040.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G159547_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtactttccttgccacaactactttttctacatttagttttttccttgaaaatttaaccaattcaaatcttatctccatatgattatttgcactgtttttaatttttaggttccagttatgtttttgtattgtttattttttttataataattattacttagttttaatatgcacacataacttctttaa--tagATGGTCATCAATTGCAACCCACCTTCCAGGCAGGACAGACAATGAGATCAAGAATTTCTGGAACACTCACTTAAAGAAAAAGCTGATTCAGATGGGTTTT
| | | ||| | | | | | || | | | ||||| ||| || | || | | || | | | | || | | | | || ||||||||| | || |||| ||||| || || |||| || || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| || |||||||| ||
----------------------------------------------------------------------------------------gctagtttgtttcactctaa--cttcaataac----tcgtatt-tttgacttgtacgtagtgcatgctatgctaatccagtgtcaactgttgtcatggtcaaaccagATGGTCAGCTATCGCAAAGCACCTCCCTGGGCGGACTGATAACGAGATCAAGAATTTCTGGAACACGCACCTGAAGAAGAAGCTCATCCAGATGGGCTTC atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ttttttataataattattacttagttttaatatgcacacataacttctttaatagATGGTCATCAATTGCAACCCACCTTCCAGGCAGGACAGACAATGAGATCAAGAATTTCTGGAACACTCACTTAAAGAAAAAGCTGATTCAGATGGGTTTT
acataac putative branch site (score: 3)
cttcttt CT-rich tract
tataataattattact TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtactttccttgccacaactactttttctacatttagttttttccttgaaaatttaaccaattcaaatcttatctccatatgattatttgcactgtttttaatttttaggttccagttatgtttttgtattgtttattttttttataataattattacttagttttaatatgcacacataacttctttaatagATGGTCATCAATTGCAACCCACCTTCCAGGCAGGACAGACAATGAGATCAAGAATTTCTGGAACACTCACTTAAAGAAAAAGCTGATTCAGATGGGTTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG