1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aggtttcaagatacatatatgtagttaatttttcttcacattcatgtatttccttccaattactaaattctgtgtctaccaattactttattcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAAGAAAACTGCTTCAATGGATGTTGGCCAAGTTGGTTTTCACAACTCAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G08530.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|192327626|gb|FK020659.1|FK020659
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|213597525|gb|DB964430.1|DB964430
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|298178450|gb|HO024185.1|HO024185
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|298170636|gb|HO019260.1|HO019260
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|151394888|gb|EV264759.1|EV264759
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|192331951|gb|FK026735.1|FK026735
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: AAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|298178024|gb|HO023873.1|HO023873
genomic: AAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAAEST: gi|14011293|gb|BG726224.1|BG726224
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|192327625|gb|FK020658.1|FK020658
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|298185114|gb|HO030327.1|HO030327
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|17518633|gb|BM187675.1|BM187675
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|208250509|gb|GE046930.1|GE046930
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: ACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|298182837|gb|HO031572.1|HO031572
genomic: ACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACAGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAGATTCAATTCGAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|192303639|gb|FG994533.1|FG994533
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|151412807|gb|EV282619.1|EV282619
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|208048593|gb|GD847524.1|GD847524
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: ACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|192299132|gb|FG992878.1|FG992878
genomic: ACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|298191108|gb|HO038587.1|HO038587
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAEST: gi|8282557|gb|BE020118.1|BE020118
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
EST: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAG GAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
genomic: GGGTTTACTGGAAGACTGTGCTCAGCTTGTCAAAGCAAATTCAATTCAAGgtaaaagcct ... ttcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAA
gtatttccttccaattactaaattctgtgtctaccaattactttattcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAAGAAAACTGCTTCAATGGATGTTGGCCAAGTTGGTTTTCACAACTCAAA
tactaaa putative branch site (score: 1)
ctttattc putative PPT
aattactttattcat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggtttcaagatacatatatgtagttaatttttcttcacattcatgtatttccttccaattactaaattctgtgtctaccaattactttattcatggcagGAAATAAAGTGAACAATGTCGATGTTGTTTACACACCCTGGTCTAATTTAAAGAAAACTGCTTCAATGGATGTTGGCCAAGTTGGTTTTCACAACTCAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - -tatgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -acattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctaccaa