1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaggtttccccttcccttagatggatgcttagtagagatgctatggcttgagatatggttttatattctgtgtattagttattccaacttattatttcatacctaatgcctacctgtgaattgtgatgcgcccatgcctagaattataagctcattcttggttttatgtgttgatgggaccagACTTGGAACTGATGGGCAAGATTTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGAAAGCTTTGATGCTATGGGATTGCAGGAGAACCTTCTGAGGGGTATTTAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G05580.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTT ACTTGGAACTGATGGGCAAGANNNNNNNACTTCTTATGACGAAGTTTGTGAEST: gi|209718869|gb|BW669056.1|BW669056
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTTgtaggtttcc ... atgggaccagACTTGGAACTGATGGGCAAGATTTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGA
EST: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTT ACTTGGAACTGATGGGCAAGANNNNNNNACTTCTTATGACGAAGTTTGTGAEST: gi|213610635|gb|DB961110.1|DB961110
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTTgtaggtttcc ... atgggaccagACTTGGAACTGATGGGCAAGATTTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGA
EST: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTT ACTTGGAACTGATGGGCAAGANNNNNNNACTTCTTATGACGAAGTTTGTGAEST: gi|209717675|gb|BW671519.1|BW671519
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTTgtaggtttcc ... atgggaccagACTTGGAACTGATGGGCAAGATTTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGA
EST: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTT ACTTGGAACTGATGGGCAAGANNNNNNNACTTCTTATGACGAAGTTTGTGAEST: gi|254319672|gb|GR830804.1|GR830804
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTTgtaggtttcc ... atgggaccagACTTGGAACTGATGGGCAAGATTTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGA
EST: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTT ACTTGGAACTGATGGGCAAGANNNNNNNACTTCTTATGACGAAGTTTGTGAEST: gi|209707836|gb|BW683732.1|BW683732
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTTgtaggtttcc ... atgggaccagACTTGGAACTGATGGGCAAGATTTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGA
EST: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTT ACTTGGAACTGATGGGCAAGANNNNNNNACTTCTTATGACGAAGTTTGTGAEST: gi|298185063|gb|HO030276.1|HO030276
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTTgtaggtttcc ... atgggaccagACTTGGAACTGATGGGCAAGATTTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGA
EST: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTT ACTTGGAACTGATGGGCAAGANNNNNNNACTTCTTATGACGAAGTTTGTGA
genomic: GAAGGATCACAATTTGATGCTCGTCAATATGATGCTAAGATGAATGAGTTgtaggtttcc ... atgggaccagACTTGGAACTGATGGGCAAGATTTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGA
cgcccatgcctagaattataagctcattcttggttttatgtgttgatgggaccagACTTGGAACTGATGGGCAAGATTTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGAAAGCTTTGATGCTATGGGATTGCAGGAGAACCTTCTGAGGGGTATTTAT
tgttgat putative branch site (score: 4)
tagaattataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaggtttccccttcccttagatggatgcttagtagagatgctatggcttgagatatggttttatattctgtgtattagttattccaacttattatttcatacctaatgcctacctgtgaattgtgatgcgcccatgcctagaattataagctcattcttggttttatgtgttgatgggaccagACTTGGAACTGATGGGCAAGATTTTTTTACTTCTTATGACGAAGTTTGTGAAAGCTTTGATGCTATGGGATTGCAGGAGAACCTTCTGAGGGGTATTTAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA