Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgcaaacagaaaaaaagaaaattactttttagtgttaatgataattgatcacattgtctcaccgtttgtttgtttcttctttacattttaccctcactctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G05550.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58016135|gb|CX702877.1|CX702877
EST:     ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGG                         GATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
genomic: ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGGgtatgtgcaa ... ctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
EST: gi|308098158|gb|HO761329.1|HO761329
EST:     ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGG                         GATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
genomic: ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGGgtatgtgcaa ... ctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
EST: gi|151400828|gb|EV270642.1|EV270642
EST:     ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGG                         GACCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
genomic: ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGGgtatgtgcaa ... ctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
EST: gi|151403620|gb|EV273430.1|EV273430
EST:     ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGG                         GATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
genomic: ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGGgtatgtgcaa ... ctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
EST: gi|254318543|gb|GR832711.1|GR832711
EST:     ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGG                         GATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
genomic: ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGGgtatgtgcaa ... ctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
EST: gi|192296477|gb|FG991627.1|FG991627
EST:     ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGG                         GATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
genomic: ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGGgtatgtgcaa ... ctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
EST: gi|120494056|gb|EH222223.1|EH222223
EST:     ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGG                         GATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
genomic: ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGGgtatgtgcaa ... ctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
EST: gi|209721044|gb|BW666301.1|BW666301
EST:     ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGG                         GATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
genomic: ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGGgtatgtgcaa ... ctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
EST: gi|120494245|gb|EH222412.1|EH222412
EST:     ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGG                         GATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
genomic: ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGGgtatgtgcaa ... ctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
EST: gi|151394491|gb|EV264362.1|EV264362
EST:     ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGG                         GATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
genomic: ATGGGCTTAATATCTCAGAGAGTGTATGATGGAGGCTGCCATGTCCTAGGgtatgtgcaa ... ctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtctcaccgtttgtttgtttcttctttacattttaccctcactctacgtacagGATCATTCCAAAAGCTCTCATGCCTCTCGAG
                                     ccctcac  putative branch site (score: 3)
                   tttcttctttacattt  CT-rich tract
                       ttctttacatttta  TA-rich tract