Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagttttacctttgattctttgataaattagtaaatgcttctaatagcttcattctaatacttataatagattttattcttcttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTATGATGAATTAGCCTTGAAAAAGGCAGTAGCAAATCAACCCGTGAGCGTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G04400.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207785469|gb|GD756994.1|GD756994
EST:     AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATATAAG                         ATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
genomic: AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAGgttagtttta ... ttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
EST: gi|58024799|gb|CX711540.1|CX711540
EST:     AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAG                         ATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
genomic: AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAGgttagtttta ... ttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
EST: gi|192300770|gb|FG989697.1|FG989697
EST:     AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAG                         ATAAATGCTAGAGCTGT
genomic: AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAGgttagtttta ... ttatctatagATAAATGCTAGAGCTGT
EST: gi|7925963|gb|AW831989.1|AW831989
EST:     AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAG                         ATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
genomic: AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAGgttagtttta ... ttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
EST: gi|58024179|gb|CX710920.1|CX710920
EST:     AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAG                         ATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
genomic: AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAGgttagtttta ... ttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
EST: gi|207799338|gb|GD769177.1|GD769177
EST:     GCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAG                         ATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
genomic: GCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAGgttagtttta ... ttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
EST: gi|208218021|gb|GE016109.1|GE016109
EST:     AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATATAAG                         ATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
genomic: AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAGgttagtttta ... ttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
EST: gi|193698909|gb|FK635010.1|FK635010
EST:     AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAG                         ATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
genomic: AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAGgttagtttta ... ttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
EST: gi|58016625|gb|CX703367.1|CX703367
EST:     GAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAG                         ATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
genomic: GAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAGgttagtttta ... ttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
EST: gi|193393960|gb|FK358525.1|FK358525
EST:     AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAG                         ATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
genomic: AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAGgttagtttta ... ttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
EST: gi|58014188|gb|CX700930.1|CX700930
EST:     AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAG                         ATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT
genomic: AAGAGGATTACCCCTTTCAAGGTGCTGATGGTATCTGTGATCAATACAAGgttagtttta ... ttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttctaatagcttcattctaatacttataatagattttattcttcttatctatagATAAATGCTAGAGCTGTTACAATTGATGGTTACGAACGTGTTCCTGCTTATGATGAATTAGCCTTGAAAAAGGCAGTAGCAAATCAACCCGTGAGCGTTG
               ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                  ttttattcttcttatc  putative PPT
                  taatacttataataga  TA-rich tract