1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...atatatttaatttaataatttaaaatgaatgaataatacttgtatatacagagttttttcccctgttgtcacattgaagcttagctgccttgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGCCCCATGGTGAAAACATTGAAGAGTATGGTAAATTGTGTCGTGAGAGGAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G03030.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAG GTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGCEST: gi|7685262|gb|AW755910.1|AW755910
genomic: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAGgtgagaatcg ... tgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGC
EST: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAG GTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGCEST: gi|298180364|gb|HO025565.1|HO025565
genomic: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAGgtgagaatcg ... tgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGC
EST: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAG GTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGCEST: gi|192308908|gb|FK002132.1|FK002132
genomic: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAGgtgagaatcg ... tgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGC
EST: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAG GTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGCEST: gi|298192192|gb|HO036274.1|HO036274
genomic: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAGgtgagaatcg ... tgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGC
EST: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAG GTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGCEST: gi|15202686|gb|BI425532.1|BI425532
genomic: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAGgtgagaatcg ... tgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGC
EST: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAG GTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGCEST: gi|298182088|gb|HO026263.1|HO026263
genomic: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAGgtgagaatcg ... tgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGC
EST: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAG GTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAGCATAAGTTTGATATGAAGCEST: gi|298167093|gb|HO010532.1|HO010532
genomic: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAGgtgagaatcg ... tgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGC
EST: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAG GTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGCEST: gi|298189623|gb|HO038026.1|HO038026
genomic: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAGgtgagaatcg ... tgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGC
EST: TACGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAG GTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGC
genomic: TATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGTGTCTTCTCCGAGACTAGCCAAGgtgagaatcg ... tgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGC
atacagagttttttcccctgttgtcacattgaagcttagctgccttgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGCCCCATGGTGAAAACATTGAAGAGTATGGTAAATTGTGTCGTGAGAGGAC
ccttgac putative branch site (score: 4)
ctgcctt CT-rich tract
agtttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atatatttaatttaataatttaaaatgaatgaataatacttgtatatacagagttttttcccctgttgtcacattgaagcttagctgccttgacttttagGTGGCAAGGTTGCAATGGAAGGGAAAGTAGAACATAAGTTTGATATGAAGCCCCATGGTGAAAACATTGAAGAGTATGGTAAATTGTGTCGTGAGAGGAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - -tgaatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tagctgc