Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|6667854|gb|AW279305.1|AW279305EST: ACCAGTCTGTTCTGATTCCAATTGATCATGGATACTGCTTGCCCACAAGT TTTGAAGATTGCACCTTTGAATGGCTTTACTGGCCTCAAGCTCGCCAGCCA
genomic: ACCAGTCTGTTCTGATTCCAATTGATCATGGATACTGCTTGCCCACAAGTgtaagcacct ... attccaacagTTTGAAGATTGCACCTTTGAATGGCTTTACTGGCCTCAAGCTCGCCAGCCA
EST:
gi|15814839|gb|BI787114.1|BI787114EST: ACCAGTCTGTTCTGATTCCAATTGATCATGGATACTGCTTGCCCACAAGT TTTGAAGATTGCACCTTTGAATGGCTTTACTGGCCTCAAGCTCGCCAGCCA
genomic: ACCAGTCTGTTCTGATTCCAATTGATCATGGATACTGCTTGCCCACAAGTgtaagcacct ... attccaacagTTTGAAGATTGCACCTTTGAATGGCTTTACTGGCCTCAAGCTCGCCAGCCA
EST:
gi|15284896|gb|BI468787.1|BI468787EST: ACCAGTCTGTTCTGATTCCAATTGATCATGGATACTGCTTGCCCACAAGT TTTGAAGATTGCACCTTTGAATGGCTTTACTGGCCTCAAGCTCGCCAGCCA
genomic: ACCAGTCTGTTCTGATTCCAATTGATCATGGATACTGCTTGCCCACAAGTgtaagcacct ... attccaacagTTTGAAGATTGCACCTTTGAATGGCTTTACTGGCCTCAAGCTCGCCAGCCA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ttgtcactctaccttctatatttctatcattatgacatatttgtcattccaacagTTTGAAGATTGCACCTTTGAATGGCTTTACTGGCCTCAAGCTCGCCAGCCATACTCCTCAGAAACTATTGACTACATAAAGTCACTGGATGCTGAAGAAG
tcattcc CT-rich tract
tatatttctatcatta TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtaagcaccttatttatgccctcttggttgtgttataatgcatgtggttatgcttctacattctatattttccctttctttgtcactctaccttctatatttctatcattatgacatatttgtcattccaacagTTTGAAGATTGCACCTTTGAATGGCTTTACTGGCCTCAAGCTCGCCAGCCATACTCCTCAGAAACTATTGACTACATAAAGTCACTGGATGCTGAAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG