Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatcttgaaattgattgtatgcaaattttcttttattaatgacttatgactcggtggaatcagttattgattttgtcatttttttattctgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGTATTGCTTCACGAGGTTTTCCTGATATGAAGATCAAGGGTTCGCCTGAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G40860.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254328403|gb|GR835368.1|GR835368
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|213617996|gb|DB963629.1|DB963629
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|213616562|gb|DB967198.1|DB967198
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|10847755|gb|BF070391.1|BF070391
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|209703783|gb|BW656888.1|BW656888
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|213592927|gb|DB966032.1|DB966032
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|254347025|gb|GR856695.1|GR856695
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|254327803|gb|GR834768.1|GR834768
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|209717396|gb|BW682385.1|BW682385
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|61241644|gb|DN591035.1|DN591035
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|4285225|gb|AI440870.1|AI440870
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|151398527|gb|EV268398.1|EV268398
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|209706172|gb|BW680889.1|BW680889
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|10842861|gb|BF066210.1|BF066210
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|209702300|gb|BW664256.1|BW664256
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|192325064|gb|FK016175.1|FK016175
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|9987127|gb|BE661235.1|BE661235
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|15663416|gb|BI700787.1|BI700787
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|213596943|gb|DB958095.1|DB958095
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|254337008|gb|GR843187.1|GR843187
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|16995650|gb|BM085022.1|BM085022
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|209703421|gb|BW678236.1|BW678236
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|208301002|gb|GE097323.1|GE097323
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGAT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGAT
EST: gi|192305622|gb|FG994332.1|FG994332
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|209699381|gb|BW664100.1|BW664100
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|15813849|gb|BI786124.1|BI786124
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|208185403|gb|GD987545.1|GD987545
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGA
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGA
EST: gi|192294676|gb|FG986525.1|FG986525
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|254323788|gb|GR836127.1|GR836127
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|298180988|gb|HO022427.1|HO022427
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|192309505|gb|FK002869.1|FK002869
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|254347733|gb|GR853982.1|GR853982
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|213596960|gb|DB964139.1|DB964139
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|213587182|gb|DB955474.1|DB955474
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|213608458|gb|DB970887.1|DB970887
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|209712723|gb|BW681577.1|BW681577
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|19453671|gb|BM955081.1|BM955081
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|16996142|gb|BM085514.1|BM085514
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|254332024|gb|GR846227.1|GR846227
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|193495912|gb|FK461908.1|FK461908
EST:     CCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: CCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|192306323|gb|FG995103.1|FG995103
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATGGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|7590075|gb|AW705836.1|AW705836
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|254320499|gb|GR826948.1|GR826948
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|192301004|gb|FG990104.1|FG990104
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
EST: gi|18040697|gb|BM308991.1|BM308991
EST:     ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAG                         GCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT
genomic: ATACTGCGGATGTTTATGGAGCCAATGCTAATGAACTTTTGGTTGGAAAGgtacaaaccg ... tgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgactcggtggaatcagttattgattttgtcatttttttattctgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGTATTGCTTCACGAGGTTTTCCTGATATGAAGATCAAGGGTTCGCCTGAAT
                    tattgat  putative branch site (score: 3)
                                  tttttttattctgtct  putative PPT
                 agttattgattttgtc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttatcttgaaattgattgtatgcaaattttcttttattaatgacttatgactcggtggaatcagttattgattttgtcatttttttattctgtctactagGCTTTGAAGCAGCTGCCCAGAGAAAAGATTCAGATAGCCACAAAATTTGGTATTGCTTCACGAGGTTTTCCTGATATGAAGATCAAGGGTTCGCCTGAAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA