1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttgtttattttgccatcctatattcttgttattcctagacattgtagcaaatgctaaggacaaggataggctgatgccgttatttgttcattttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTGGATGGCTTATTAAGGATTCATAAACGGATTATTGATGGTTTAGAGAGTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G40840.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTGEST: gi|208252167|gb|GE049343.1|GE049343
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTG
EST: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTGEST: gi|6666253|gb|AW277712.1|AW277712
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTG
EST: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTGEST: gi|193480382|gb|FK445906.1|FK445906
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTG
EST: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTGEST: gi|254332498|gb|GR846436.1|GR846436
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTG
EST: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTGEST: gi|208299196|gb|GE100095.1|GE100095
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTG
EST: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTGEST: gi|207780156|gb|GD753085.1|GD753085
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTG
EST: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGEST: gi|193404353|gb|FK368731.1|FK368731
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAA-GAGGAACCTGGTTCCTCTG
EST: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTGEST: gi|193469618|gb|FK436412.1|FK436412
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTG
EST: GAGCTCGCGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCCGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTGEST: gi|208090400|gb|GD887423.1|GD887423
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTG
EST: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAAGAAGGAACCTGGTTCCTCTGEST: gi|207779290|gb|GD754208.1|GD754208
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAA-GA-GGAACCTGGTTCCTCTG
EST: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAGAGGAAACCTGGTTCCTEST: gi|193672208|gb|FK617136.1|FK617136
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAA-CCTGGTTCCT
EST: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCT GTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTG
genomic: GAGCTCGAGTTAAAATTCTTGATGGTCCTCCGGGAACTGTGCAAAGGGCTgtaagtttct ... ttttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTG
agcaaatgctaaggacaaggataggctgatgccgttatttgttcattttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTGGATGGCTTATTAAGGATTCATAAACGGATTATTGATGGTTTAGAGAGTG
ggctgat putative branch site (score: 4)
ttcatttt putative PPT
ttatttgttcatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgtttattttgccatcctatattcttgttattcctagacattgtagcaaatgctaaggacaaggataggctgatgccgttatttgttcattttgattagGTAATGATATCAGCTAAAGAGGAACCTGGTTCCTCTGTTCCTCCTGCTGTGGATGGCTTATTAAGGATTCATAAACGGATTATTGATGGTTTAGAGAGTG
- - - - - tgccatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caaatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgatgc