Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggttggtcaccgtcgtttttttttaatgagatttaatttattttaggaccaaaagtatatttatatttttaggatcttttgacagGTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGTTACCCTACCATTCAATGGTTTCCTAAGGGATCTCTAGAGCCTAAAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G39130.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18040454|gb|BM308748.1|BM308748
EST:     AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAG                         GTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT
genomic: AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAGgttggttggt ... cttttgacagGTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT
EST: gi|192297309|gb|FG992403.1|FG992403
EST:     AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAG                         GTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT
genomic: AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAGgttggttggt ... cttttgacagGTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT
EST: gi|298165334|gb|HO011383.1|HO011383
EST:     AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAG                         GTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT
genomic: AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAGgttggttggt ... cttttgacagGTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT
EST: gi|298196930|gb|HO041673.1|HO041673
EST:     AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAG                         GTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT
genomic: AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAGgttggttggt ... cttttgacagGTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT
EST: gi|18041310|gb|BM309604.1|BM309604
EST:     AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAG                         GTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT
genomic: AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAGgttggttggt ... cttttgacagGTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT
EST: gi|4436994|gb|AI522859.1|AI522859
EST:     AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAG                         GTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT
genomic: AACAGCTCGGAACGACTTTTAAGAAAACGAAGTCCGTTTTGATTGCCAAGgttggttggt ... cttttgacagGTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttaatttattttaggaccaaaagtatatttatatttttaggatcttttgacagGTGGATTGTGATGAACAGAAAAGTGTTTGTAGTAAATATGGGGTATCTGGTTACCCTACCATTCAATGGTTTCCTAAGGGATCTCTAGAGCCTAAAAA
 atttaat  putative branch site (score: 4)
                                            tctttt  putative PPT
     atttattttaggacca  TA-rich tract