Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attttaactaaaccattttttcttgaccaagatctattattattttgctgtttatttaatttttatgatcatgaataacttgaatccatctttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCTGAGTCAAAAAAAGAGCTGGATGCTCTACTCTCTGATGAATCTTTAGCGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G39110.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G39110.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g23620.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
attttaactaaaccattttttcttgaccaagatctattattattttgctgtttatttaatttttatgatcatgaataacttgaatccatc--tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCTGAGTCAAAAAAAGAGCTGGATGCTCTACTCTCTGATGAATCTTTAGCGA
  ||| |||    | || ||  |     |  ||  |   || |||  |  | |  |      || |  || ||  | ||||    |       |  |  ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||| || || ||  
-ctttgactctgtccttattcttctgatattattaagcttt-tttccccatctgctaccaccttgtattcttgcttgacttttccctgctgtctcaaaacagGTTGATGCTGTGGTATATTTGGTAGATGCTTATGATAAGGAACGTTTTGCTGAGTCAAAAAAGGAGCTTGATGCACTCCTATCTGATGATTCATTGGCAG

upper sequence: GLYMA03G39110.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S10_357V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
-attttaactaaaccattttttcttgaccaagatctattattattttgctgtttatttaatttttatgatcatgaataacttgaatccatctt--tgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCTGAGTCAAAAAAAGAGCTGGATGCTCTACTCTCTGATGAATCTTTAGCGA
 |||||    | | ||   ||  ||    | |  || | ||| | | | |  |  | |         ||   | || |   | |||| ||| |  |  | |||||||||||  | |||||  | || || ||    |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| || || ||| |  |  
gatttt---cagatcaggattcgttacagatgtgctgtgattgtatggtttgtggtctgtcagagtggaattttaagactgtaaatctatcatacttgtgcagGTGGATGCTATAGTGTATCTCGTCGACGCAGTAGACAGGGAGAGATTTGCTGAGTCAAAGAAAGAGCTCGATTCTCTTCTCTCCGACGATTCTCTGTCCC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192313588|gb|FK004170.1|FK004170
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTATTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|298175888|gb|HO015293.1|HO015293
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCC
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|298187652|gb|HO034801.1|HO034801
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|213587995|gb|DB957454.1|DB957454
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|192311775|gb|FK004910.1|FK004910
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTATTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|298185267|gb|HO030480.1|HO030480
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|298187884|gb|HO031841.1|HO031841
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|192311776|gb|FK004911.1|FK004911
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTATTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|151412537|gb|EV282349.1|EV282349
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|151412449|gb|EV282261.1|EV282261
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|57574143|gb|CX547118.1|CX547118
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|192313587|gb|FK004169.1|FK004169
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTATTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|151394207|gb|EV264078.1|EV264078
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|298184065|gb|HO029278.1|HO029278
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|298184489|gb|HO029702.1|HO029702
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
EST: gi|298189652|gb|HO038055.1|HO038055
EST:     TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAG                         GTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT
genomic: TCGGGGGTCATCAGATTGCTCGAAGAGTTTGGAAAGATTACTATGCCCAGgtctctccct ... tttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctgtttatttaatttttatgatcatgaataacttgaatccatctttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCTGAGTCAAAAAAAGAGCTGGATGCTCTACTCTCTGATGAATCTTTAGCGA
                                       tccatcttt  CT-rich tract
     tttatttaatttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attttaactaaaccattttttcttgaccaagatctattattattttgctgtttatttaatttttatgatcatgaataacttgaatccatctttgattcagGTGGATGCAGTGGTGTACTTGGTTGATGCTTATGACAAGGAAAGATTTGCTGAGTCAAAAAAAGAGCTGGATGCTCTACTCTCTGATGAATCTTTAGCGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - -ctaaacc
- - - - - - - - - - -cttgacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgaat