Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgacttacctatttcacactaactctggtacgcctgtgtttgttctggggaatgatttttcattcctccaagaatatttttcttaggaatgatattttaaaaaatcttttatacctatgtttggatattttatatagtttcaaaattttgatgataaaacatatgaatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGTGAATCAGACAGTGATTATGCTGATTTTTCTTCCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G38930.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G38930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv14s0060g00820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtatgacttacctatttcacactaactctggtacgcctgtgtttgttctggggaatgatttttcattcctccaagaatatttttcttaggaatgatattttaaaaaatcttttatacctatgtttggat--attttatatagtttcaaaattttgatgataaaacatatgaatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGTGAATCAGACAGTGATTATGCTGATTTTTCTTCCAAG
                                                                                               ||||  |||| ||  ||| || | ||      |   ||| | |  | | | | |||  |      | ||  ||| |   |||||||||||| | || || ||||| |||||  |  |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||
----------------------------------------------------------------------------------------------gtattg-aaaatatggtttctaacaataggaaaaccgattcttttgactgttagaatgattgaagcacaaattatta--ctggcagGTGACTCTGTTTACTAGAGGAAAAGCAGCCATCACCCAACAGTTGCCAGGTGAATCAGACAAGGATTATGCTGAATTTTCTTCCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192321048|gb|FK012416.1|FK012416
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|120534298|gb|EH262431.1|EH262431
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|120534123|gb|EH262256.1|EH262256
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|120534506|gb|EH262639.1|EH262639
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209697177|gb|BW672942.1|BW672942
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|10232858|gb|BE801746.1|BE801746
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213606521|gb|DB971317.1|DB971317
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|120496123|gb|EH224290.1|EH224290
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213608598|gb|DB967101.1|DB967101
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|120531123|gb|EH259256.1|EH259256
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213617909|gb|DB967299.1|DB967299
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|15287169|gb|BI471060.1|BI471060
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209708025|gb|BW657080.1|BW657080
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|17518618|gb|BM187660.1|BM187660
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213589761|gb|DB955456.1|DB955456
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209721697|gb|BW682538.1|BW682538
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209701640|gb|BW673126.1|BW673126
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213598124|gb|DB964155.1|DB964155
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|6667229|gb|AW278688.1|AW278688
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209715536|gb|BW682189.1|BW682189
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213602138|gb|DB962631.1|DB962631
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|151403281|gb|EV273091.1|EV273091
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213594012|gb|DB961928.1|DB961928
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|120531139|gb|EH259272.1|EH259272
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|8670059|gb|BE191166.1|BE191166
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTANAAGCGCC
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTA-AAGCGCC
EST: gi|120530457|gb|EH258590.1|EH258590
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|15199948|gb|BI424091.1|BI424091
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209723821|gb|BW682958.1|BW682958
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209709384|gb|BW668340.1|BW668340
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213601152|gb|DB964659.1|DB964659
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209709945|gb|BW676517.1|BW676517
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213614000|gb|DB960965.1|DB960965
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209728486|gb|BW663478.1|BW663478
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209718791|gb|BW671992.1|BW671992
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|11413480|gb|BF425491.1|BF425491
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|11413168|gb|BF425179.1|BF425179
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213607233|gb|DB965119.1|DB965119
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|10232367|gb|BE801255.1|BE801255
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|20811439|gb|BQ295917.1|BQ295917
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209715908|gb|BW650921.1|BW650921
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|6134475|gb|AW132868.1|AW132868
EST:     GGTTTATTGGTGTGTNTTTGTCTAAGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|213589232|gb|DB957764.1|DB957764
EST:     GTTTATTGGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GTTTATT-GGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
EST: gi|209721137|gb|BW665694.1|BW665694
EST:     GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAG                         GTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT
genomic: GGTTTATTGGTGTGTTTTTGTCTAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGTCACCAGgtatgactta ... aatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttggatattttatatagtttcaaaattttgatgataaaacatatgaatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGTGAATCAGACAGTGATTATGCTGATTTTTCTTCCAAG
                         ttttgat  putative branch site (score: 4)
     tattttatatagtttc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgacttacctatttcacactaactctggtacgcctgtgtttgttctggggaatgatttttcattcctccaagaatatttttcttaggaatgatattttaaaaaatcttttatacctatgtttggatattttatatagtttcaaaattttgatgataaaacatatgaatttggcagGTGACTTTATTCACAAGAGGTAAAGCGCCTGTCACTCAACAGTTGCCAGGTGAATCAGACAGTGATTATGCTGATTTTTCTTCCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT