Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aggaggatgctgtgttacacatccaagggaattcctgtttgtttattaggtatgatgcacttgtttcaacttttcaatgacaattgatcatttgttgtagGTTGAGCTTCAAACTGTGGATGGACTGGTAAAGGATAGAACACAATGTGCTCCCAATGGATACTATTTTATTCCAGTATATGACAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G37930.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G37930.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g19470.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
aggaggatgctgtgttacacatccaagggaattcctgtttgtttattaggtatgatgcacttgtttcaacttttcaatgacaattgatcatttgttgtagGTTGAGCTTCAAACTGTGGATGGACTGGTAAAGGATAGAACACAATGTGCTCCCAATGGATACTATTTTATTCCAGTATATGACAAG
 |     || ||   | |  || || |   |  |   | | | |  |  ||||   |    ||           |     |  || |   | ||    ||||||||||    ||| | |||||  |||| ||||| || || || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||
cgagtcttgatgcagtgctaattcatgaccacactattctttatgctttgtatatggtttctgccgtgctcagactgaccctcttaactctctgaatcagGTTGAGCTGTGTACTATTGATGGTTTGGTTAAGGAAAGCACTCAGTGTGCCCCTAATGGATACTATTTTATCCCAGTCTATGACAAG

upper sequence: GLYMA03G37930.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT3G62360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
aggaggatgctgtgttacacatccaagggaattcctgtttgtttattaggtatgatgcacttgtttcaacttttcaatgacaattgatcatttgttgtagGTTGAGCTTCAAACTGTGGATGGACTGGTAAAGGATAGAACACAATGTGCTCCCAATGGATACTATTTTATTCCAGTATATGACAAG
 | | ||   |   |||     |        || || | | ||| | ||  | | | || |  |||    || |   |  |  || |  | ||     |||||||||||||||| || |||||| ||||||| || || ||||| ||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||||
-gtaaga-attcaattagttgactgtttttttttctatctttttctgagtgaggtttcattgattt--gtttgtttgttccccttca--aattaca--agGTTGAGCTTCAAACAGTAGATGGATTGGTAAAAGACAGTACACAGTGTGCCCCAAATGGTTACTATTTCATCCCAGTATATGACAAG

upper sequence: GLYMA03G37930.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0005g01650.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
aggaggatgctgtgt-tac--acatccaagggaattcctgttt----gtttattaggtatgatgcacttgtttcaacttttcaatgacaattgatcatttgttgtagGTTGAGCTTCAAACTGTGGATGGACTGGTAAAGGATAGAACACAATGTGCTCCCAATGGATACTATTTTATTCCAGTATATGACAAG
       | || | |  ||  |||| |  |  |||| ||  ||    | || | |   |||      |   || |  || | ||||     |  |       |||||||||||||||  ||  | |||||| |||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||
-------ttctatctacaccaacattctggttaattgctaattttgtgcttctgaaacatggatacttaaattgaggttctgaatggtttattttatcaaactgtagGTTGAGCTTCGCACAATTGATGGATTGGTGAAGGACAGAACTCAGTGTGCCCCAAATGGTTACTATTTCATTCCTGTCTATGACAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaggtatgatgcacttgtttcaacttttcaatgacaattgatcatttgttgtagGTTGAGCTTCAAACTGTGGATGGACTGGTAAAGGATAGAACACAATGTGCTCCCAATGGATACTATTTTATTCCAGTATATGACAAG
                                    aattgat  putative branch site (score: 4)
                         ttttcaat  TA-rich tract