1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tagtttctattctgagaggtatgattttcttgtgtcatgttaaggtttgcctggtttagctctaattttatttactgattcttgcgtgcttgtacaacagTGCTAATTGGACTGCTATTTGTCATATCTGGATTTGGGGGGAGTTTGCTTTCTGCTCTGTTTATCCAGTCAAACATTTCTGTTGGTGCTTCTGGTGCACT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G13780.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTGGGTATTCTAGTCATTGGAATTCGGCTTGAGCAAGAATTTGGGTTTG TGCTAATTGGACTGCTATTTGTCATATCTGGATTTGGGGGGAGTTTGCTTTEST: gi|9900523|gb|BE609491.1|BE609491
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EST: GCTGGGTATTCTAGTCATTGGAATTCGGCTTGAGCAAGAATTTGGGTTTG TGCTAATTGGACTGCTATTTGTCATATCTGGATTTGGGGGGAGTTTGCTTTEST: gi|9900517|gb|BE609485.1|BE609485
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EST: GGTATTCTAGTCATTGGAATTCGGCTTGAGCAAGAATTTGGGTTTG TGCTAATTGGACTGCTATTTGTCATATCTGGATTTGGGGGGAGTTTGCTTTEST: gi|254329966|gb|GR839519.1|GR839519
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tttgcctggtttagctctaattttatttactgattcttgcgtgcttgtacaacagTGCTAATTGGACTGCTATTTGTCATATCTGGATTTGGGGGGAGTTTGCTTTCTGCTCTGTTTATCCAGTCAAACATTTCTGTTGGTGCTTCTGGTGCACT
tactgat putative branch site (score: 2)
taattttatttactga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagtttctattctgagaggtatgattttcttgtgtcatgttaaggtttgcctggtttagctctaattttatttactgattcttgcgtgcttgtacaacagTGCTAATTGGACTGCTATTTGTCATATCTGGATTTGGGGGGAGTTTGCTTTCTGCTCTGTTTATCCAGTCAAACATTTCTGTTGGTGCTTCTGGTGCACT
- - - - -ttctgag
- - - - - - - - -ggtatga
- - - - - - - - - - - - - -tcttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcgtgc