Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtacagtactcacagttgttgatgatattatttgtcatttttatttgtaattttcgtttgaactcattttgcctggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTGATCCTCATCCTACGGAACAGGCTAAAGTATGCTCTAACATATAGAGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G06440.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G06440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv06s0004g07150.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
--------------gtatgtacagtactcacagttgttgatgatatta--tttgtcatttttatttgtaattttcgtttgaactcattttgcctggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTGATCCTCATCCTACGGAACAGGCTAAAGTATGCTCTAACATATAGAGAAG
               |    |  ||  |  || |  || || || |||          ||||| |||     || | || ||    || |     |   |  |||| || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||  | || |||||||| |||||  |||||||| | ||||||||||| |||||| | || |
gtaagtgataagcttttctcagtgtgtttccattacttaataatgttagaccctcgggttttacttgc----tttgctttaatgtcttataatctgtcatacagGCTCCCAAGCCATCTTCTGGACCTCATAAGTCAAGGGAGTGCTTGCCCTTGATCCTTATCCTGAGGAACAGGTTGAAGTATGCTCTCACATATCGTGAGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151396175|gb|EV266052.1|EV266052
EST:     GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTT                         GCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
genomic: GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTTgtatgtacag ... ggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
EST: gi|192300483|gb|FG987910.1|FG987910
EST:     GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTT                         GCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
genomic: GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTTgtatgtacag ... ggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
EST: gi|7284412|gb|AW597004.1|AW597004
EST:     GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTT                         GCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
genomic: GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTTgtatgtacag ... ggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
EST: gi|9203665|gb|BE329889.1|BE329889
EST:     GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTT                         GCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
genomic: GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTTgtatgtacag ... ggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
EST: gi|298196174|gb|HO044565.1|HO044565
EST:     GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTT                         GCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
genomic: GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTTgtatgtacag ... ggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
EST: gi|9986822|gb|BE660930.1|BE660930
EST:     GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTT                         GCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
genomic: GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTTgtatgtacag ... ggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
EST: gi|298190510|gb|HO032631.1|HO032631
EST:     GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTT                         GCACCGAAGTCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
genomic: GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTTgtatgtacag ... ggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
EST: gi|13789053|gb|BG651644.1|BG651644
EST:     GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTT                         GCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
genomic: GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTTgtatgtacag ... ggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
EST: gi|298186402|gb|HO037035.1|HO037035
EST:     GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTT                         GCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
genomic: GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTTgtatgtacag ... ggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
EST: gi|17401982|gb|BM178764.1|BM178764
EST:     GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTT                         GCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG
genomic: GGCTCAATGCTCCAAAACACTGGATGCTTGACAAGCTTGGTGGGGCCTTTgtatgtacag ... ggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttgtcatttttatttgtaattttcgtttgaactcattttgcctggctgtgtagGCACCGAAGCCATCATCTGGACCCCACAAGTCCAGGGAGTGTCTTCCTTTGATCCTCATCCTACGGAACAGGCTAAAGTATGCTCTAACATATAGAGAAG
       atttttatttgtaatt  TA-rich tract