Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgaactgatctttatgtcctataaatgttttatgactcttctgaattcttgaaactgttccacacaatttgtttgaactatatatgtgcatctcttgaatttggcagCTATCTATGTGGATGAAGATGATATAGCTATGTACACTATCAAAACCATAGATGACCCCAGAACACGGAACAAGACAGTTTACATAAGGCCACCTGAAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA0317S00200.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA0317S00200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv08s0040g00550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
--gtaagtgaactgatctttatgtcctataaatgttttatgactcttctgaattcttgaaactgttccacacaatttgtttgaactatatatg-tgcatctcttgaa--tttggcagCTATCTATGTGGATGAAGATGATATAGCTATGTACACTATCAAAACCATAGATGACCCCAGAACACGGAACAAGACAGTTTACATAAGGCCACCTGAAAA
  |   ||  | | || |||   |  || | || |   ||  |     |  ||  |||||     || | |  |||     ||| || || |  |   |||| ||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||  |||| | ||| || ||| | ||| | ||||||||  | ||
gtgcttgtacaataattttttatttttagatatataccatacca----tatatatttgaa-----tcgatattattg--cagaattacatttaatatttctcatgaaaatgtggcagCCATCTATGTGGATGAAGATGATATAGCCATGTACACTATCAAAACCATAGACGATCCACGAACCCTGAATAAAACACTCTACCTGAGGCCACCCCAGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192325683|gb|FK015040.1|FK015040
EST:     AATCCCCCCTATGGATTCTGTGATCTTATTTGGAGATGGAAACGTAAAGG                         CTATCTATGTGGATGAAGATGATATAGCTATGTACACTATCAAAACCATAG
genomic: AATCCCCCCTATGGATTCTGTGATCTTATTTGGAGATGGAAACGTAAAGGgtaagtgaac ... aatttggcagCTATCTATGTGGATGAAGATGATATAGCTATGTACACTATCAAAACCATAG
EST: gi|151412917|gb|EV282729.1|EV282729
EST:     AATCCCCCCTATGGATTCTGTGATCTTATTTGGAGATGGAAACGTAAAGG                         CTATCTATGTGGATGAAGATGATATAGCTATGTACACTATCAAAACCATAG
genomic: AATCCCCCCTATGGATTCTGTGATCTTATTTGGAGATGGAAACGTAAAGGgtaagtgaac ... aatttggcagCTATCTATGTGGATGAAGATGATATAGCTATGTACACTATCAAAACCATAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aactgttccacacaatttgtttgaactatatatgtgcatctcttgaatttggcagCTATCTATGTGGATGAAGATGATATAGCTATGTACACTATCAAAACCATAGATGACCCCAGAACACGGAACAAGACAGTTTACATAAGGCCACCTGAAAA
                   tttgaactatatat  TA-rich tract