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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caattgttagtttttcattctttctttttgccaccgtgtcatctgtggttattatttgctttaattgaatgctcatcaaaacattgtttaatccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTTCCTCCTGGCAACACAGGGCTCGATCCCTCTCAGACCTCTTTCTTCCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G42260.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G42260.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ13245 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
caattgttagtttttcattctttctttttgccaccgtgtcatctgtggttattatttgctttaattgaatgctcatcaaaacattgtttaatccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTTCCTCCTGGCAACACAGGGCTCGATCCCTCTCAGACCTCTTTCTTCCAG
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upper sequence: GLYMA02G42260.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ24514 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
caattgttagtttttcattctttctttttgccaccgtgtcatctgtggttattatttgctttaattgaatgctcatcaaaacattgtttaatccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTTCCTCCTGGCAACACAGGGCTCGATCCCTCTCAGACCTCTTTCTTCCAG
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Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192309670|gb|FK002908.1|FK002908
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|9898939|gb|BE607907.1|BE607907
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|37997254|gb|CF808843.1|CF808843
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGCTTGGCTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|213593672|gb|DB971694.1|DB971694
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|37996490|gb|CF808079.1|CF808079
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|213611303|gb|DB972732.1|DB972732
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|7458651|gb|AW666101.1|AW666101
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCATTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|58023204|gb|CX709945.1|CX709945
EST:     TCACCAAGGGTGACNTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
EST: gi|213606530|gb|DB958998.1|DB958998
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGC
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGC
EST: gi|254344862|gb|GR851345.1|GR851345
EST:     TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTGAAGGAGGTCAGTGAGGAGGTTGCTAAGTACAAGgtaaagtgtt ... atccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggttattatttgctttaattgaatgctcatcaaaacattgtttaatccgaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCAATTGATGTCGTTGTTCCTCCTGGCAACACAGGGCTCGATCCCTCTCAGACCTCTTTCTTCCAG
                                        gtttaat  putative branch site (score: 4)
     attatttgctttaatt  TA-rich tract